Anatomist : le petit manuel


Table des matières

1. Généralités
Installation et démarrage du logiciel Anatomist
Introduction
Configuration
Menus de configuration
Validation des préférences
Configuration personnalisée
Les fenêtres
Types de fenêtre
Groupe de fenêtres
Menu des fenêtres
Les objets
Objets manipulés par Anatomist
Attributs des objets
Visualisation et manipulation des objets
Couleur des objets
Superposition d'objets
Définition générale
Application : Superposition d'une anatomie et de régions d'intérêt (noyaux gris centraux)
Application : Superposition des maillages de chaque hémiphère avec le maillage de la tête
Fusion d'objets
Définition générale
Les contrôles
Qu'est-ce qu'un contrôle ?
Contrôle par défaut
Contrôle sélection
Contrôle des vues obliques
Simulateur de vol
Contrôle de transformation
Boîte à outils de dessin de régions d'interêt
Tracé au pinceau de régions d'interêt
Détection des régions : seuillage avec connexité
Obtention de régions d'interêt par analyse discriminante
Mode de dessin de ROI par sélection de label
Contrôle du plan de coupe sur maillage : mesh cutting
Chargement et affichage des objets
Orientation des axes
Gestion des conventions neurologique et radiologique
Origine des volumes
Système de coordonnées
Echantillonnage du monde réel : coordonnées en mm et en voxel
Position du curseur lié
Référentiels et transformations
Définition générale
Format des transformations
Référentiel d'un objet
Référentiel d'une fenêtre
Chargement d'une transformation entre 2 référentiels
Action sur les transformations : supprimer, sauver ....
Application : chargement d'une transformation (issue d'un recalage) entre un volume anatomique et un volume fonctionnel
Application : chargement d'une transformation entre le réferentiel d'un objet et celui d'une fenêtre
Comment obtenir un fichier de transformation
Module de dessin de régions d'intérêt
Contrôle ROI
Dessin ROI
Morphologie mathématique
Seuillage avec connexité
Segmentation par blobs
Mode de dessin par sélection de label
Manipulation d'un graphe
Navigation dans un graphe à partir de ses noeuds
Sélection, dé-sélection des noeuds et suppression des objets
Paramètres des graphes
Utilisation des nomenclatures
Modification de la valeur des attributs d'un graphe et sauvegarde d'un nouveau graphe
2. Pour aller plus loin ....
Fusions
3. Foire Aux Questions (FAQ)
Glossaire
A. Options de la commande anatomist
B. Changement de version à 2.13
Version Aims antérieure à 2.13
Verison Aims supérieure à 2.13
C. Configuration du fichier .aimsrc
Lecture des informations
Configuration du fichier .aimsrc
D. Anatomist sous linux versus Anatomist sous Windows
E. Utilisation d'un script .ana
F. Ajout d'une palette
G. Nomenclature des sillons
H. Format .anahis : données des histogrammes obtenues par l'option de seuillage avec connexité
I. Fenêtre oblique

Liste des illustrations

1.1. Fenêtre de contrôle d'Anatomist
1.2. Actions pour visualiser et manipuler un volume dans Anatomist
1.3. Onglet Application
1.4. Configuration des référentiels par défaut
1.5. Onglet Curseur lié
1.6. Onglet Fenêtres
1.7. Onglet Fenêtres de contrôle
1.8. Onglet Volumes
1.9. Validation des Préférences
1.10. Superposition d'une anatomie et de régions d'intérêt
1.11. Superposition des maillages de la tête et des hémisphères
1.12. Type de fusion
1.13. Contrôle de la fusion
1.14. Raccourcis clavier du contrôle par défaut
1.15. Raccourcis clavier du contrôle de sélection
1.16. Raccourcis clavier du contrôle de vues obliques
1.17. Raccourcis clavier du contrôle de simulateur de vol
1.18. Raccourcis clavier du contrôle de transformation
1.19. Raccourcis clavier du contrôle de dessin de ROI
1.20. Raccourcis clavier du contrôle d'obtention de ROI par analyse discriminante
1.21. Raccourcis clavier du contrôle de dessin de ROI par sélection de label
1.22. Raccourcis clavier du mesh cutting
1.23. Coordonnées en mm / Coordonnées en voxel
1.24. Exemple d'un fichier de transformation .trm
1.25. Modification du référentiel d'une fenêtre (1)
1.26. Modification du référentiel d'une fenêtre (2)
1.27. Configuration Anatomist avant chargement d'une transformation
1.28. Menu pour charger une transformation
1.29. Fenêtre de gestion des transformations
1.30. Placement de la transformation
1.31. Sélection du fichier de transformation
1.32. Message d'avertissement lorsque que la taille des voxels du volume et celle du graphe de ROI sont différentes.
1.33. Onglet Contrôle ROI
1.34. Onglet Dessin ROI
1.35. Onglet Morphologie Mathématique
1.36. Onglet Seuillage avec connexité
1.37. Image de labels (affichage convention radiologique)
1.38. Fenêtre des Paramètres des graphes
G.1. Reconnaissance automatique des sillons chez le sujet A, face externe (traitement anatomie => morphométrie => reconnaissance automatique )
G.2. Reconnaissance automatique des sillons chez le sujet A, face interne (traitement anatomie => morphométrie => reconnaissance automatique )
I.1. Visualisation en 3D
I.2. Passage en visualisation en 2D en utilisant une fenêtre oblique
I.3. Passage en visualisation en 2D en utilisant une fenêtre axiale

Liste des tableaux

1.1. Les fenêtres
1.2. Menu des fenêtres
1.3. Formats accessibles par Anatomist (liste non exhaustive)
1.4. Matériau
1.5. Mapping Mode
1.6. Texture generation (option peu utilisée - attention génère une nouvelle texture sur vos données)
1.7. Options
1.8. Menu Session
1.9. Menu Région
1.10. Menu Région
1.11. Sous-menu Personnelle
1.12. Menu Fenêtres
1.13. Menu Pinceau
1.14. Menu Modes
1.15. Rayon de l'élément structurant
1.16. Mode de distance
1.17. Actions de morphologie mathématique
1.18. Description du panneau du seuillage avec connexité
1.19. Segmentation par blobs
2.1. Fusion descriptions
2.2. Fusion mode
2.3. Methods (of interpolation): method to estimate the value (intersection between the mesh and the volum) for a mesh point
2.4. Submethods: This only applies to sampling methods that are not single-voxel (such as point to point methods)
2.5. Parameters: definition of localization of another point to do an interpolation
C.1. Attributs du fichier .aimsrc
D.1. Anatomist sous linux versus Anatomist sous Windows
G.1. Nomenclature des sillons