Programmation dans Anatomist: liste des commandes et syntaxe

Syntaxe des commandes

Les commandes peuvent être

lues dans un fichier de config. depuis le menu "File / Replay scenario" de la fenêtre de contrôle

lues dans un fichier depuis le démarrage d'Anatomist: "anatomist -f fichier.his"

lues sur un "pipe nommé" ouvert au démarrage et sur lequel on peut écrire n'importe quand (-> télécommande): "anatomist -p nom_pipe"

La syntaxe des commandes est celle des arbres de la librairie graph de Dimitri Papadopoulos:

*BEGIN TREE syntaxe
attribut1    valeur1
attribut2    valeur2
...
*END

La syntaxe est connue d'Anatomist (chaque commande déclare la syntaxe qu'elle attend).
Chaque type syntaxique (ou type d'arbre, attribut donné après "*BEGIN TREE") décide des attributs qu'il est possible de trouver dans cet élément (arbre).
Les attributs ont chacun un type, et peuvent être obligatoires ou non.
Les types de base pour les attributs sont:

`int`	`12`
`float`	`-134.654`
`string`	`toto et tutu`
`int_vector`	`1 20 -2 4 87`
`float_vector`	`1.2 -3.4 0.123 -12.`
`dictionary`	`{ '__syntax__' : 'dictionary', 'an_attribute' : [ 1, 5.3, 'value' ] }`

Les commandes sont encapsulées dans des arbres imbriqués a priori sur 2 niveaux: le premier précise si la commande doit être exécutée ou annulée: syntaxe EXECUTE ou UNDO. Le second niveau est la commande elle-même. Ex:

*BEGIN TREE EXECUTE
*BEGIN TREE LoadObject
filename        toto.ima
res_pointer    1
*END
*END

Les objets et fenêtres sont manipulées en interne dans Anatomist par leurs pointeurs. Evidemment ce format n'est pas exportable dans les entrées/sorties disque. On passe donc par une conversion pointeur - identifiant entier, effectuée par les classes Serializer et Unserializer. Le principe est qu'un pointeur en mémoire est identifié depuis les commandes par un entier. L'entier est attribué au pointeur depuis sa création, par la commande qui résulte en la création de pointeur (nouvel objet chargé ou crée par fusion, nouvelle fenêtre ouverte, etc.). Ces commandes ont généralement un attribut "res_pointer " qui donne l'identifiant entier qui sera ensuite utilisé pour référer à ce pointeur (objet, fenêtre, référentiel...).
Dans la suite, à chaque fois qu'on manipule des objets, des fenêtre, des référentiels, on les désigne par cet identifiant.
Ex: la commande suivante met les objets d'identifiants 1, 2 et 3 dans les fenêtres d'identifiants 100 et 101.

*BEGIN TREE EXECUTE
*BEGIN TREE AddObject
objects        1 2 3
windows        100 101
*END
*END

Attention: dans les "scripts" de commande, ne jamais confondre des identifiants d'éléments de types différents (par exemple un ID de fenêtre dans une liste d'objets), c'est pas du tout blindé pour le moment et ça doit pouvoir faire planter méchamment.

Précisions sur les identifiants:

Il sont locaux à un "flux d'entrée" donné dans Anatomist: un fichier scénario, ou un pipe. En clair ça veut dire que lorsqu'on lit 2 fichiers de scénario à la suite, le second ne peut pas réutiliser les ID du premier sans les redéfinir. Par contre ils restent valables sur un pipe pendant toute sa durée de vie: on peut envoyer à la suite des fichiers sur le pipe ("cat fichier.his >> pipe" sous Unix) en réutilisant les mêmes ID pour désigner les mêmes éléments.

En principe rien n'empêche de redéfinir un ID déja utilisé. A ce moment-là l'ancienne affectation de cet entier disparaît et l'objet auquel il correspondait n'est plus accessible par les commandes. L'avantage c'est que ça permet de faire facilement des "scénarios génériques": appliquer une même série de commandes à des objets différents, en utilisant des fichiers de scénario tout faits, en initialisant juste l'ID par un nouveau chargement d'objet. Par ex. sur un pipe nommé, on peut envoyer d'abord une commande LoadObject définissant l'ID 1, puis un fichier de scénario tout fait utilisant (sans le définir) l'objet 1. Ensuite il est possible de lancer une autre commande LoadObject redéfinissant le même ID 1 et ré-envoyer le même scénario: il sera alors appliqué de la même façon au nouvel objet. Le système peut bien sur être amélioré, mais ça permet déjà de faire des choses.

Commandes génériques du coeur d'Anatomist:

AddObject

Ajoute un objet dans une fenêtre

Attribut:	Type:	Rôle:
`objects`	`int_vector`	IDs des objets à mettre dans les fenêtres
`windows`	`int_vector`	IDs des fenêtres

AskTexExtrema

Provoque l'affichage dans la sortie standard d'Anatomist des valeurs extrêmes de la texture de l'objet

object int objet dont on demande les bornes de la texture

AssignReferential

Attribue (et crée au besoin) un référential à des objets et des fenêtres.

`ref_id`	`int`	ID du référentiel (s'il n'existe pas, un nouveau référentiel est créé)
`objects`	`int_vector` (optionnel)
`windows`	`int_vector` (optionnel)
`central_ref`	`int`	non nul si on désigne le référentiel central (indestructible) d'Anatomist
`filename`	`string` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1 fichier contenant des information supplémentaires sur le référentiel: en particulier un nom et un UUID (identifiant unique). Si l'UUID lu depuis ce fichier existe déjà dans anatomist, le référentiel n'est pas recréé (sinon l'identifiant ne serait plus unique). On peut donc utiliser la commande `AssignReferential` juste pour charger des informations complémentaires sur un repère existant. Ce fichier est au format de type `.minf` (bien que l'extension soit généralement `.referential`).
`ref_uuid`	`string` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1 Précise optionnellement qu'on veut utiliser un référentiel précis, d'identifiant unique (et persistant) connu, et déjà présent dans Anatomist. Ce paramètre est généralement incompatible avec le paramètre `filename` parce que l'UUID trouvé dans le fichier est potentiellement différent de celui précisé ici.

Camera

Fixe le point de vue, le zoom etc de fenêtres 3D

`windows`	`int_vector`
`zoom`	`float` (optionnel)	facteur de zoom (1=normal)
`observer_position`	`float_vector` (optionnel)	position de la caméra (3 coords)
`view_quaternion`	`float_vector` (optionnel)	rotation (4 composantes normées)
`slice_quaternion`	`float_vector` (optionnel)	rotation du plan de coupe oblique (4 composantes normées)
`force_redraw`	`int` (optionnel)	force l'affichage effectif de la vue: par défaut les vues sont réaffichées après un petit délai de manière à n'effectuer qu'un seul affichage après plusieurs modifications. En mode "film", on peut vouloir être sur que l'image a été remise à jour et enregistrée.
`cursor_position`	`float_vector` (optionnel)	fixe la position du curseur lié, donc du plan de coupe (cf `LinkedCursor`)
`boundingbox_min`	`float_vector` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1 fixe la boîte englobante du champ de vue (partie min) dans le système de coordonnées de la fenêtre
`boundingbox_max`	`float_vector` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1 fixe la boîte englobante du champ de vue (partie max) dans le système de coordonnées de la fenêtre

ChangePalette

Modifie une palette de la liste (panneau de gauche de la fenêtre de palettes)

`name`	`string`	nom de la palette dans la liste
`colors`	`int_vector`	vecteurs de couleurs RGB (composantes à la suite)
`color_mode`	`string` (optionnel)	"`RGB`" ou "`RGBA`"

ClosePipe

Ferme le pipe de lecture sur lequel cette commande est envoyée - fermeture de la télécommande, en d'autres termes.

remove_file int flag présisant si Anatomist doit effacer le fichier pipe nommé après fermeture

CloseWindow

Ferme des fenêtres

windows int_vector

ControlsParams

Ouvre ou ferme la fenête de paramètres ds contrôles

`window`	`int`	Fenêtre depuis laquelle les paramètres des contrôles doivent être ouverts
`show`	`int`	0: fermer, 1: ouvrir

CreateControlWindow

Crée la fenêtre de contrôle. Comme c'est fait automatiquement dans l'appli, cette commande ne sert en fait à rien...

CreateWindow

Ouvre une nouvelle fenêtre

type string "Axial", "Sagittal", "Coronal", "3D", "Browser", "Profile"

res_pointer int ID de la fenêtre nouvellement créee

geometry int_vector (optionnel) position et taille de la fenêtre: x, y, w, h

block int (optionnel) Nouveau dans Anatomist 3.0. Permet d'insérer la nouvelle fenêtre dans un "bloc" qui en contient éventuellement plusieurs. Par défaut (bloc=0) la fenêtre n'est pas dans un bloc. Si bloc n'existe pas encore, un nouveau bloc est créé, sinon la fenêtre est ajoutée à un bloc existant.
Note: Le numéro de bloc est un identifiant comme ceux des objets, fenêtres etc: il ne faut donc pas réutiliser un numéro déjà pris.

block_columns int (optionnel) Nouveau dans Anatomist 3.1. Si block spécifie un nouveau bloc à créer, il aura ce nombre de colonnes. Défaut: 2.

options

dictionary (optionnel)

Nouveau dans Anatomist 3.0. Options supplémentaires passées à la fenêtre au moment de la créer. Certains types de fenêtres peuvent interpréter des options spécifiques.
Par ex.:
options { '__syntax__' : 'tree', 'no_decoration': 1 }
Pour le moment, les options reconnues sont:

no_decoration bool Ne dessine pas de "décorations" autour de la zone utile de la vue: pas de menus, pas de boutons. De cette manière la vue pourra être incrustée dans une application spécialisée et entièrement contrôlée par cette application.

DeleteElement

Détruit n'importe quel type d'élément anatomist connu (objets, fenêtres, référentiels)

elements int_vector

DeleteObject

Détruit des objets

objects int_vector

DuplicateObject

EventFilter

Active/désactive et règle le filtre d'événement sur le canal de sortie associé à ce canal de commandes (cf commande Outpout)

`filter`	`string`	liste d'événements à filtrer (c.a.d. à laiser voir si le filtrage par défaut est actif, ou au contraire à ne pas voir si le filtrage par défaut est inactif). `filter` est une liste de chaines séparées par des espaces
`unfilter`	`string`	liste d'événements à ne plus filtrer: ceux-ci sont enlevés de la liste `"filter"` précédente du filtre.
`default_filtering`	`int` (0 ou 1)	Le filtrage par défaut définit si le filtre fonctionne par "addition" ou par "soustraction". En mode de filtrage par défaut actif (ce qui est le cas au démarrrage), tous les événements sont filtrés par défaut (c.a.d. invisibles), la liste `"filter"` permet de voir les événements choisis (mode soustraction en quelque sorte). En mode de filtrage par défaut inactif, c'est l'inverse; tous les événements sont déclenchés sauf ceux donnés par la liste `"filter"` (mode addition). Si `default_filtering` est spécifié, le filtre est remis à zéro: listes de d'événements activés auparavant sont effacées.

Exit

Sort d'Anatomist

ExportTexture

Extrait la texture d'un objet texturé et l'écrit sur disque sous forme de texture

`filename`	`string`	fichier de texture à écrire
`object`	`int`	objet dont on veut exporter la texture
`time`	`float` (optionnel)	temps auquel on veut extraire la texture (dans le cas d'objets temporels). Si `time < 0` ou s'il n'est pas précisé, tous les temps seront extraits, la texture écrite sera temporelle (seuls le temps de la texture compte: par ex. une fusion maillage temporel + texture fixe ne donnera qu'un seul instant)

ExternalReference

ExtractTexture

Nouveau dans Anatomist 3.0
Extrait la texture d'un objet texturé et en fait un nouvel objet texture

`object`	`int`	objet dont on veut exporter la texture
`time`	`float` (optionnel)	temps auquel on veut extraire la texture (dans le cas d'objets temporels). Si `time < 0` ou s'il n'est pas précisé, tous les temps seront extraits, la texture écrite sera temporelle (seuls le temps de la texture compte: par ex. une fusion maillage temporel + texture fixe ne donnera qu'un seul instant)
`res_pointer`	`int` (optionnel)	objet résultat

FusionObjects

Crée un objet fusion à partir de plusieurs autres

`objects`	`int_vector`
`res_pointer`	`int`	ID de l'objet fusion nouvellement crée
`method`	`string`	méthode de fusion utilisée

GenerateTexture

Nouveau dans Anatomist 3.0
Génère une texture vierge (valeur 0 partout) correspondant à un objet maillé (maillage, bucket...). La texture sera créée en mode "auto-généré" (c'est à dire que les valeurs seront générées par OpenGL à l'affichage, voir TexturingParams)

`object`	`int` (optionnel)	objet sur lequel on construit la texture. S'il n'est pas donné, la texture n'aura qu'un seul point et ne sera utilisable qu'en mode "généré par OpenGL".
`dimension`	`int` (optionnel)	dimension de la texture: 1 ou 2. Défaut: 1
`res_pointer` (optionnel)	`int` (optionnel)	objet résultat

GetInfo

Demande à Anatomist des informations sur l'état de l'application (objets, fenêtres, ...).
Les informations sont données entre accolades sous forme de dictionnaire python (directement utilisable par un interpréteur python).
Pour obtenir des infos précises sur des objets ou fenêtres, utiliser la commande ObjectInfo.
Si filename n'est pas précisé, les informations sont écrites sur la sortie courante (réglable avec la commande Output)

`aims_info`	`int` (bool) (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1 donne des informations sur la librairie AIMS (texte non structuré)
`filename`	`string` (optionnel)	fichier ou du "pipe nommé" dans lequel Anatomist écrit les informations demandées
`linkcursor_lastpos`	`int` (bool) (optionnel)	donne la dernière position cliquée pour le curseur lié (tous groupes confondus), dans le repère donné par le paramètre `linkcursor_referential` s'il est précisé
`linkcursor_referential`	`int` (optionnel)	repère dans lequel la position du curseur lié doit être donnée (utilse seulement avec le paramètre `linkcursor_lastpos`). S'il n'est pas précisé, le "repère central" d'anatomist est utilisé
`list_commands`	`int` (bool) (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1 donne la liste des commandes connues par Anatomist, et leurs paramètres
`modules_info`	`int` (bool) (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1 donne la liste des modules et leur description
`name_objects`	`string` (optionnel)	Permet de donner des noms (id) aux objets qui n'en ont pas dans le contexte courant.`"top"`: assigne des noms aux objets "toplevel" seulement (ceux qui n'ont pas de parent). `"all"`, `"yes"`, `"1"`: assigne des noms à tous les objets contenus dans Anatomist
`name_referentials`	`int` (bool) (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0 assigne des noms (id) aux référentiels qui n'en ont pas dans le contexte courant
`name_transformations`	`int` (bool) (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0 assigne des noms (id) aux transformations qui n'en ont pas dans le contexte courant
`name_windows`	`int` (bool) (optionnel)	assigne des noms (id) aux fenêtres qui n'en ont pas dans le contexte courant
`objects`	`int` (bool) (optionnel)	demande la liste des ID des objets concernant le canal de communication courant
`palettes`	`int` (bool) (optionnel)	demande la liste des palettes (noms)
`referentials`	`int` (bool) (optionnel)	demande la liste des référentiels
`request_id`	`string` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0.3 ID utilisé dans la réponse d'Anatomist pour identifier la requête. Cette option est utilisée par exemple par BrainVisa pour identifier les réponses à ses requêtes, qui ne sont pas nécéssairement traitées dans le bon ordre dans un contexte "multi-threadé"
`selections`	`int` (bool) (optionnel)	donne les listes d'objets sélectionnés (par groupe)
`transformations`	`int` (bool) (optionnel)	demande la liste des transformations
`version`	`int` (bool) (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1 demande la version d'Anatomist
`windows`	`int` (bool) (optionnel)	demande la liste des ID des fenêtres

GraphParams

Change les options relatives aux graphes et aux sélections

`display_mode`	`string` (optionnel)	Mode d'affichage des sous-objets contenus dans les noeuds de graphes: "`mesh`", "`bucket`", "`all` ", "`first`"
`label_attribute`	`string` (optionnel)	Attribut des noeuds de graphes utilisé comme filtre de sélection, généralement "`label` " ou "`name`"
`save_only_modified`	`int` (optionnel)	La sauvegarde d'un graphe sauve soit tous les sous-objets, soit essaie de ne sauver que ceux qui ont été modifiés (si le graphe est réécrit et pas déplacé)
`saving_mode`	`string` (optionnel)	Mode de sauvegarde: "`unchanged` " (comme il a été lu), "`global`" (1 fichier pour tous les sous-objets de la même catégorie), ou "`local`" (1 fichier par sous-objet)
`selection_color`	`int_vector` (optionnel)	Couleur de sélection, sous la forme `R G B [A [nA]]`, où `A` est l'opacité et `NA` (0 ou 1) est un booléen qui précise si l'opacité s'applique ou si on utilise celle de l'objet sélectionné.
`selection_color_inverse`	`int` (optionnel)	booléen, s'il est mis, la sélection inverse les couleurs plutôt que d'utiliser une couleur fixe
`set_base_directory`	`int` (optionnel)	booléen, s'il est mis les sous-objets d'un graphe sont sauvés dans un répertoire qui porte le même nom qui lui, avec l'extension "`.data`". Sinon l'ancien nom est gardé même si on change le nom du graphe
`show_tooltips`	`int` (optionnel)	Active ou invalide l'affichage des bulles qui indiquent les noms des noeuds de graphes dans les fenêtres 2D/3D
`use_hierarchy`	`int` (optionnel)	déprécié depuis Anatomist 3.0: utilisez `use_nomenclature` maintenant.
`use_nomenclature`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0. Active ou invalide la colorisation des graphes en fonction de la nomenclature

GroupObjects

Crée une liste d'objets (groupe simple)

`objects`	`int_vector`
`res_pointer`	`int`	ID de l'objet groupe nouvellement créé

LinkedCursor

Déplace le curseur lié sur les fenêtres du même groupe

`window`	`int`	fenêtre déclenchant l'action
`position`	`float_vector`	position 3D ou 4D

LinkWindows

Lie les fenêtres en un groupe

`windows`	`int_vector`	fenêtres à lier
`group`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1. Numéro du groupe. -1 (défaut) signifie un nouveau groupe. On peut réutiliser un groupe existant.

LoadGraphsubObjects

LoadObject

Charge un objet à partir d'un fichier disque

LoadTransformation

Initialise une transformation entre deux référentiels, soit à partir d'un fichier disque (matrice de translation et rotation, format ASCII), soit avec une matrice donnée directement.
Il faut préciser soit le nom de fichier, soit la matrice de transformation. Si les deux sont donnés, seul le fichier est pris en compte.

`origin`	`int`	Optionnel depuis Anatomist 3.1 ID du référentiel de départ Lorsqu'il n'est pas précisé, il peut être donné par le fichier associé. S'il n'y a pas de fichier associé, ou qu'il ne contient pas d'information d'origine, alors un nouveau repère est créé.
`destination`	`int`	Optionnel depuis Anatomist 3.1 ID du référentiel d'arrivée Comme pour l'origine, le référentiel peut être donné par le fichier associé, ou créé à la volée.
`filename`	`string` (optionnel)	nom du fichier de transformation
`matrix`	`float_vector` (optionnel)	matrice de transformation: elle doit avoir 12 éléments à la suite (représentant 4 lignes de 3 colonnes). La 1ère ligne est la translation, le reste la matrice de rotation (même format que les fichiers)
`res_pointer`	`int`	ID de la transformation résultante

NewId

Nouveau dans Anatomist 3.0.2
Génère de nouveaux numéros d'ID pour des objets

`num_ids`	`int` (optionnel)	nombre d'IDs à générer (1 par défaut)
`request_id`	`string` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0.3 ID utilisé dans la réponse d'Anatomist pour identifier la requête. Cette option est utilisée par exemple par BrainVisa pour identifier les réponses à ses requêtes, qui ne sont pas nécéssairement traitées dans le bon ordre dans un contexte "multi-threadé"

NewPalette

Ajoute une nouvelle palette vierge dans la liste des palettes (liste de gauche dans les fenêtres de palettes). Contrairement aux autres éléments d'Anatomist, les palettes ne sont pas identifiées par un numéro mais par leur nom.

name string nom donné à la nouvelle palette

ObjectInfo

Décrit aussi précisément que possible les éléments donnés par leur ID. Il peut s'agir d'objets anatomist, de fenêtres, de référentiels, de transformations, ...
La description est faite sous forme de dictionnaire python.
Si filename n'est pas précisé, les informations sont écrites sur la sortie courante (réglable avec la commande Output)

`filename`	`string` (optionnel)	fichier ou "pipe nommé" dans lequel Anatomist écrit les informations
`objects`	`int_vector`	IDs des éléments à décrire
`name_children`	`int` (optionnel)	si ce flag est non-nul, un ID est assigné à chaque sous-objet qui n'en a pas
`name_referentials`	`int` (optionnel)	si ce flag est non-nul, un ID est assigné à chaque reférentiel qui n'en a pas et qui est cité par les infos
`request_id`	`string` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0.3 ID utilisé dans la réponse d'Anatomist pour identifier la requête. Cette option est utilisée par exemple par BrainVisa pour identifier les réponses à ses requêtes, qui ne sont pas nécéssairement traitées dans le bon ordre dans un contexte "multi-threadé"

Output

Ouvre un "flux" de sortie, soit par un nom de fichier, soit par une connexion réseau TCP/IP (adresse internet + port)

`filename`	`string` (optionnel)	fichier ou "pipe nommé"
`ip`	`string` (optionnel)	adresse tcp/ip réseau de la machine à contacter
`port`	`int` (optionnel)	port tcp/ip sur lequel se connecter par réseau
`default_context`	`int` (optionnel)	indique s'il faut changer la sortie du contexte par défaut plutôt que le contexte courant

PopupPalette

Ouvre une fenêtre de réglage de palette pour les objets donnés

objects int_vector

ReloadObject

Recharge des objets déjà en mémoire à partir de leurs fichiers disque (s'ils ont changé). Attention, ça ne marche pas pour tous les objets.

objects int_vector

RemoveObject

Enlève des objets de certaines fenêtres

`objects`	`int_vector`
`windows`	`int_vector`

SaveObject

Sauvegarde un objet sur disque

`object`	`int`
`filename`	`string` (optionnel)	s'il n'est pas donné, l'ancien nom de fichier de l'objet est utilisé

SaveTransformation

Ecrit un fichier de transformation

`filename`	`string`	nom du fichier à écrire
`transformation`	`int`	ID de la transformation

Select

Sélectionne et/ou désélectionne des objets

`objects`	`int_vector` (optionnel`)`	objets à sélectionner
`unselect_objects`	`int_vector` (optionnel)	objets à dé-sélectionner
`group`	`int` (optionnel)	groupe de sélection concerné - par défaut, 0
`modifiers`	`string` (optionnel)	attributs de la sélection: `set`, `add` ou `toggle`. Par défaut le mode est `set` si `unselect_objects` est vide, et `add` sinon.

SelectByHierarchy

Déprécié à partir d'Anatomist 3.0: cette commande est renommée SelectByNomenclature.

SelectByNomenclature

Nouveau dans Anatomist 3.0 et remplace SelectByHierarchy.
Sélectionne par une nomenclature (action correspondant à un click sur une nomenclature dans un browser)

`nomenclature`	`int`	Nouveau dans Anatomist 3.0. nomenclature à utiliser pour la sélection
`hierarchy`	`int`	déprécié à partir d'Anatomist 3.0: remplacé par `nomenclature`
`names`	`string`	liste des éléments de la nomenclature à sélectionner. Pour le moment on utilise l'espace pour séparer les noms (ce qui signifie qu'on ne peur pas mettre d'espaces dans les noms)
`group`	`int` (optionnel)	groupe de fenêtres concerné
`modifiers`	`string` (optionnel)	comme pour la commande `Select` Nouveau dans la version 1.30b (corrigée): nouveau mode `"remove"`, qui permet d'enlever les noeuds concernés des fenêtres concernées pour les faire disparaître.

Server

Passe Anatomist en mode serveur. Dans ce mode, Anatomist écoute les connexions réseau. Chaque connexion est une source de commandes indépendante.

port int port TCP à écouter

SetControl

Fixe le contrôle actif sur les fenêtres données

`windows`	`int_vector`
`control`	`string`

SetMaterial

Fixe certaines ou toutes les propriétés de matériau des objets
Depuis Anatomist 3.0, ces propriétés incluent aussi les modes de rendu 3D spécifiques à l'objet

`objects`	`int_vector`	IDs des objets sur lesquels régler le matérieu
`ambient`	`float_vector` (optionnel)	Composantes RGBA de la composante ambiante du matériau (4 valeurs). Les valeurs négatives sont inchangées (ancienne valeur conservée)
`diffuse`	`float_vector` (optionnel)	RGBA aussi
`emission`	`float_vector` (optionnel)	RGBA aussi
`specular`	`float_vector` (optionnel)	RGBA aussi
`shininess`	`float` (optionnel)	Valeur 0-124, une valeur négative ne produit aucun changement
`refresh`	`int` (optionnel)	force la remise à jour des fenêtres contenant les objets concernés
`lighting`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0 active (1) ou désactive (0) l'éclairage/ombrage sur l'objet. La valeur -1 revient au mode par défaut (réglé par la vue pour l'ensemble de la scène)
`smooth_shading`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0 (0/1/-1) mode polygônes lisses ou plats
`polygon_filtering`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0 (0/1/-1) filtrage (antialiasing) des lignes/polygônes
`depth_buffer`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0 (0/1/-1) imprime ou pas l'objet dans le Z-buffer. Vous pouvez le désactiver si vous voulez cliquer "à travers" l'objet (mais cela peut avoir des effets bizarres sur le rendu)
`face_culling`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0 (0/1/-1) élimination des polygônes vus de dos. Le mieux est de l'activer pour les objets transparents, et le désactiver pour les maillages "ouverts" (dont on peut voir les deux faces) et opaques. Pour les objets à la fois transparents et ouverts, il n'y a pas de réglage parfait...
`polygon_mode`	`string` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0 mode d'affichage des polygônes: "`normal`", "`wireframe`" (fil de fer), "`outline`" (normal + fil de fer), "`hiddenface_wireframe`" (fil de fer avec faces cachées), ou "`default`" (utiliser le réglage global de la vue)
`unlit_color`	`float_vector` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1.4 couleur utilisée pour les lignes en l'absence d'éclairage. A présent cela concerne seulement la couleur des contours des polygônes en mode de rendu "`outline`".
`line_width`	`float` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1.4 Épaisseur des lignes (maillages de segments, modes de rendu filaires). Une valeur nulle ou négative revient au défaut (1 en principe).

SetObjectPalette

Affecte une palette à des objets. Les paramètres (tous optionnels) permettent de régler le mode d'utilisation de la palette par les objets.

`objects`	`int_vector`
`palette`	`string`	nom de la palette principale à appliquer
`palette2`	`string` (optionnel)	palette secondaire (utile uniquement dans le cas de textures 2D)
`min`	`float` (optionnel)	proportion min de la palette correspondant au min des valeurs de la texture de l'objet associées
`max`	`float` (optionnel)	pareil pour le max. `min` `max` peuvent être négatifs (utilisation d'une sous-partie de lapalette) et `max` peut être supérieur à `min` (->palette inversée)
`min2`	`float` (optionnel)	pareil pour l'affectation de la 2ème palette sur la 2ème composante de texture (objets avec texture 2D)
`max2`	`float` (optionnel)	idem
`mixMethod`	`string` (optionnel)	Mode de mélange des 2 palettes pour former une palette 2D: "`LINEAR`" ou "`GEOMETRIC`" pour le moment
`linMixFactor`	`float` (optionnel)	facteur de mélange entre les 2 palettes en mode linéaire
`palette1Dmapping`	`string` (optionnel)	Mode de parcours d'une palette 2D (image) pour une texture 1D: `FirstLine` (1ère ligne de l'image) ou `Diagonal`
`absoluteMode`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1.4 Si ce flag est non-nul, les valeurs `min`, `max`, `min2` et `max2` sont des valeurs absolues dans la texture des objets concernés. Sinon (par défaut) on est en mode proportionnel.

ShowObject

SliceParams

TexturingParams

Nouveau dans Anatomist 3.0
Règle les paramètres de plaquage de texture

objects	`int_vector`	objets concernés
`texture_index`	`int` (optionnel)	Numéro de texture concernée (pour les objets à plusieurs textures), défaut: `0`
`mode`	`string` (optionnel)	mode de mélange de la couleur de texture: `geometric`, `linear`, `replace`, `decal`, `blend`, `add`, ou `combine`. Ces valeurs correspondent pour la plupart aux fonctions OpenGL, à part le mode linéaire qui pourrait éventuellement servir autrement sur certains objets (voir `rate`).
`filtering`	`string` (optionnel)	filtrage des textures: `nearest` (défaut) ou `linear`
`generation`	`string` (optionnel)	mode de génération de texture (les textures générées automatiquement par OpenGL remplacent complètement la texture courante, cette option n'a donc aucun intérêt sinon faire joli): `none` (défaut), `object_linear`, `eye_linear`, `sphere_map`, `reflection_map`, `normal_map`. (ces valeurs correspondent directement aux fonctions OpenGL)
`generation_params_1`	`float_vector` (optionnel)	Paramètres associés à la génération de texture pour la première coordonnée de texture. Ces paramètres sont utiles uniquement en mode `object_linear` ou `eye_linear`. Il s'agit d'un vecteur de 4 flottants définissant la direction de projection de la première coordonnée de texture en fonction des coordonnées 3D réelles dans le maillage. Les paramètres donnés ici ne concernent que le mode de génération courant (celui donné par le paramètre `generation`, ou le mode en cours si `generation` n'est pas précisé).
`generation_params_2`	`float_vector` (optionnel)	Paramètres associés à la génération de texture pour la seconde coordonnée de texture.
`generation_params_3`	`float_vector` (optionnel)	Paramètres associés à la génération de texture pour la troisième coordonnée de texture. Pour le moment les textures 3D ne sont pas supportées, donc ce paramètre ne sert à rien.
`rate`	`float` (optionnel)	taux de mélange en mode linéaire (pondération objet - texture). Ce paramètre n'a aucun effet sur la plupart des objets.
`interpolation`	`string` (optionnel)	interpolation des couleurs des textures: `palette` (défaut) ou `rgb`

WindowConfig

Fixe les paramètres de configuration des fenêtres données (ça peut être varié)

`windows`	`int_vector (optionnel)`	fenêtres concernées
`geometry`	`int_vector` (optionnel)	position et taille de la fenêtre (taille extérieure). Si les tailles sont nulles ou non précisées, la taille de la fenêtre n'est pas modifiée
`view_size`	`int_vector` (optionnel)	taille de la zone d'affichage (zone 3D sur les fenêtres 3D). Ce paramètre est prioritaire sur les tailles données avec `geometry`
`record_mode`	`int` (optionnel)	active (1) ou désactive (0) le mode d'enregistrement des images (film) de fenêtres 3D. Pour l'activer, il faut aussi donner `record_basename`
`record_basename`	`string` (optionnel)	nom des images sauvées par l'enregistrement automatique des films (ex: `/tmp/toto.jpg`). Les noms des images auront des chiffres ajoutés avant l'extension
`clipping`	`int` (optionnel)	nombre de plans de clipping: 0, 1 ou 2
`clip_distance`	`float` (optionnel)	distance entre le plan de coupe et les plans de clipping
`face_culling`	`int` (optionnel)	active (1) ou désactive (0) l'élimination des faces vues de dos
`flat_shading`	`int` (optionnel)	active (1) ou désactive (0) le rendu en "faces planes" (sans lissage des couleurs)
`fog`	`int` (optionnel)	active (1) ou désactive (0) le brouillard
`perspective`	`int` (optionnel)	active (1) ou désactive (0) le mode perspective
`polygon_filtering`	`int` (optionnel)	active (1) ou désactive (0) le lissage des polygônes
`polygon_mode`	`string` (optionnel)	mode d'affichage des polygônes: "`normal`", "`wireframe`" (fil de fer), "`outline`" (normal + fil de fer), "`hiddenface_wireframe`" (fil de fer avec faces cachées)
`snapshot`	`string` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0. Sauve l'image correspondant à la vue de la fenêtre dans un fichier dont ne nom est précisé ici. Si `windows` contient plusieurs valeurs, plusieurs images doivent alors être sauvées: `snapshot` est alors une liste de noms de fichiers séparés par des espaces: il ne faut donc pas que les fichiers contiennent des espaces (cette restriction ne s'applique pas si une seule fenêtre est concernée). Note: les caractères d'échappement ne sont pas supportés pour le moment.
`fullscreen`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1. active ou désactive le mode plein écran
`show_cursor_position`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1. active ou désactive l'affichage de la barre d'état en bas de fenêtre montrant la position du curseur et la valeur d'un objet courant à cette position.
`show_toolbars`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1. active ou désactive l'affichage de tout ce qui est "autour" de la vue 3D (menus, barres de boutons, barre d'état, référentiel...)
`transparent_depth_buffer`	`int` (optionnel)	active (1) ou désactive (0)
`iconify`	`int` (optionnel)	icônifie (ou cache) les fenêtres
`raise`	`int` (optionnel)	désicônifie les fenêtres et les fait passer au premier plan
`linkedcursor_on_slider_change`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.0. active ou désactive le mode faisant agir les curseurs de coupe/temps comme des actions du curseur lié (propagation aux autres fenêtres)
`fullscreen`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1. active ou désactive le mode plein écran
`show_cursor_position`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1. active ou désactive l'affichage de la barre d'état en bas de fenêtre montrant la position du curseur et la valeur d'un objet courant à cette position.
`show_toolbars`	`int` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1. active ou désactive l'affichage de tout ce qui est "autour" de la vue 3D (menus, barres de boutons, barre d'état, référentiel...)

Commandes plus spécifiques:

Fusion2DParams

Règle les paramètres d'une fusion 2D. Cette commande est en grande partie obsolète à partir d'Anatomist 3.0. En fait, seul le paramètre reorder_objects a encore une utilité propre. Les autres paramètres sont maintenant dans la commande TexturingParams (puisqu'ils ne sont plus spécifiques aux fusions 2D).

`object`	`int`
`mode`	`string` (optionnel)	`linear`, `geometric` ou `linear_on_defined`
`rate`	`float` (optionnel)	taux de fusion (entre 0 et 1)
`reorder_objects`	`int_vector` (optionnel)	numéros des objets dans le bon ordre

Fusion3DParams

Nouveau dans Anatomist 3.0
Règlage des paramètres d'une fusion 3D

object	`int`	objet concerné
`method`	`string` (optionnel)	Méthode de calcul: `point` (défaut): valeur du voxel sous chaque noeud du maillage, `point_offset_internal`: valeur d'un voxel décalé vers l'intérieur de `depth` le long de la normale au maillage, `point_offset_external`: voxel décalé vers l'extérieur, `line`: intégration le long de la normale selon la sous-méthode `submethod`, `line_internal`: comme `line` mais seulement vers l'intérieur du maillage, `line_external`: idem vers l'extérieur, `sphere`: intégration dans une sphère de rayon `depth` autour de chaque noeud du maillage
`submethod`	`string` (optionnel)	Sous-méthode du calcul. En fait ce paramètre indique la manière d'intégrer les valeurs de plusieurs voxels (elle n'est donc pas utilisée pour les méthodes `point*`): `max` (défaut), `min`, `mean`, `mean_corrected`: moyenne seulement les valeurs non-nulles, `mean_enhanced`: plus personne ne se souvient ce qu'est sensé faire ce mode...
`depth`	`float` (optionnel)	Profondeur d'intégration pour les méthodes `line`, ou décalage pour les méthodes `point_offset_`, ou rayon de la sphère d'intégration pour la méthode `sphere`.
`step`	`float` (optionnel)	Pas d'échantillonnage pour les méthodes d'intégration à plusieurs points.

Commandes des modules:

Module ROI :

CreateGraph

Crée un graphe associé à un objet 2D (par ex. un volume). L'objet de départ donne ses dimensions (taille de voxel, extrêma) au nouveau graphe.

`object`	`int`	objet 2D servant de "modèle" au graphe
`res_pointer`	`int`	ID du nouveau graphe créé
`name`	`string` (optionnel)	nom de l'objet graphe. Défaut: `RoiArg`.
`filename`	`string` (optionnel)	Nouveau dans Anatomist 3.1.4 nom de fichier associé au graphe. Défaut: aucun.
`syntax`	`string` (optionnel)	attribut syntaxique du graphe. Défaut: `RoiArg`.

AddNode

Ajoute un noeud dans un graphe, avec éventuellement un bucket vide à l'intérieur

`graph`	`int`	graphe auquel on ajoute un noeud
`res_pointer`	`int`	ID du nouveau noeud créé
`name`	`string` (optionnel)	nom de l'objet noeud défaut: `RoiArg`
`syntax`	`string` (optionnel)	attribut syntaxique du noeud défaut: `roi`
`with_bucket`	`int` (optionnel)	précise s'il faut créer un bucket dans le noeud défaut: oui
`res_bucket`	`int` (optionnel)	ID du bucket crée (s'il est crée)
`no_duplicate`	`int` (optionnel)	si mis à 1, empêche de recréer des noeuds qui ont le même attribut "`name`". Défaut: 0