À propos de BrainVISA

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• Une présentation rapide des auteurs de brainVISA...
  Plateau d'Imagerie de l'Ile de France : http://www.ifr49.org/

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Description

BrainVISA résulte d'une initiative des méthodologistes de l'IFR 49. Il s'agissait d'offrir aux utilisateurs potentiels de leurs travaux une interface unificatrice relativement conviviale. Cette interface devait en outre simplifier les échanges entre les différents groupes de méthodologistes disséminés dans les divers laboratoires de l'institut. Ces velléités ont pu se concrétiser grâce à un financement du ministère de la recherche obtenu dans le cadre d'une ACI télémédecine. Le premier prototype de BrainVISA a alors été développé par Yann Cointepas (cointepa@shfj.cea.fr) durant l'année 2000/2001. Depuis, le noyau de brainVISA est développé au SHFJ par l'équipe de JF Mangin (Y. Cointepas, D. Rivière, D. Papadopoulos-Orfanos) et les ingénieurs de l'IFR 49 (Y. Cointepas, I. Denghien). De nombreux développements sont aujourd'hui réalisés autour de brainVISA. Les plus avancés (y compris certains encore non diffusés mais en passe de l'être) sont les suivants:

• Le package dédié aux sillons corticaux est développé au SHFJ par l'équipe de JF Mangin (D. Rivière, A. Cachia, E. Duchesnay) en collaboration avec le service de neurochirurgie fonctionnelle du CHU La Timone de Marseille (J. Régis), l'unité INSERM ERM 205, Orsay (A. Cachia, E. Duchesnay, M. Zilbovicius JL Martinot), et l'ESIL, Marseille (O. Coulon, C. Clouchoux).
• Le package dédié à l'imagerie de diffusion IRM est développé au SHFJ par l'équipe de JF Mangin (Y. Cointepas) en collaboration étroite avec l'équipe de D. LeBihan (C. Poupon)
• Le package dédié à l'IRMf est développé par l'équipe de JB Poline au SHFJ (P. Ciuciu, A Roche)
• Le package dédié à la MEG/EEG est développé au centre MEG de La Pitié-Salpêtrière (D. Schwartz), dans l'unité CNRS LENA de La Pitié-Salpêtrière (S. Baillet, L. Garnero), et dans l'unité INSERM 678 (M. Pelegrini, J. Daunizeau, J. Mattout, H. Benali)
• Le package de stereotaxie est développé dans l'unité CNRS LENA de La Pitié-Salpêtrière (E. Bardinet, M. Bhattacharjee)

Les seules publications permettant de faire référence à cette plateforme correspondent à des présentations réalisées pendant la conférence HBM :

• BrainVISA: Software platform for visualization and analysis of multi-modality brain data.
  Y. Cointepas, J.-F. Mangin, L. Garnero, J.-B. Poline and H. Benali.
  Neuroimage 13(6):S98, 2001
• A freely available Anatomist/BrainVISA package for analysis of diffusion MR images. Y. Cointepas, C. Poupon, R. Maroy, D. Rivière, D. Le Bihan, and J.-F. Mangin. . In Proc. 9th HBM CD-Rom Neuroimage vol 19 (2), New York,June19--22 2003
• A freely available Anatomist/BrainVISA package for structural morphometry of the cortical sulci. D. Rivière, J. Régis, Y. Cointepas, D. Papadopoulos-Orfanos, A. Cachia, and J.-F. Mangin. In Proc. 9th HBM, Neuroimage 19(2), pages 934, 2003
• A MEG/EEG analysis toolbox for BrainVISA D. P. Schwartz, K. N'Diaye, A. Bellio, J. Mattout, M. Pélégrini, Y. Cointepas, D. Rivière, and A. Ducorps. , In Hum. Brain Mapp., 2004

Les équipes qui se sont impliquées dans le projet initial:

• L'équipe de Line Garnero représentait les problématiques de type problème inverse issues de la MEG et de l'EEG ;
  
  
  Neurosciences Cognitives et Imagerie Cérébrale
  UPR 640-CNRS LENA
  47 boulevard de l'Hôpital
  75651 Paris Cedex 13
  France
  WWW: http://web.ccr.jussieu.fr/cnrs-upr640-lena
  
  
• L'équipe de Habib Benali représentait les problématiques d'analyse d'images propres au site de la Pitié-Salpêtrière;
  
  
  INSERM U494
  CHU Pitié-Salpêtrière
  91 Boulevard de l'Hôpital
  75634 Paris Cedex 13
  France
  WWW: http://www.imed.jussieu.fr
  
  
• L'équipe de Jean-Baptiste Poline représentait les problématiques liées à l'analyse des images fonctionnelles et apportait l'expérience issue de son implication dans le développement du logiciel SPM (http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/) ;
  
  UNAF
  Service Hospitalier Frédéric Joliot
  Département de Recherche Medicale, CEA
  4 place du général Leclerc
  91401 Orsay Cedex
  France
  WWW: http://www-dsv.cea.fr/thema/shfj/web/shfj_demo_page_f.htm
  
  
  
  
• L'équipe de Jean-François Mangin représentait les problématiques liées à l'analyse des images anatomiques et apportait le logiciel Anatomist ;
  
  
  UNAF
  Service Hospitalier Frédéric Joliot
  Département de Recherche Medicale, CEA
  4 place du général Leclerc
  91401 Orsay Cedex
  France
  WWW: http://www-dsv.cea.fr/content/cea/d_dep/d_drm/d_shfj/d_unaf/
  
  
• Enfin, les cliniciens de la Salpêtrière apportaient leur recul sur la réalité clinique quotidienne...
  
  Stéphane Lehéricy apportait la vision d'un radiologue particulièrement impliqué dans l'utilisation de l'IRM fonctionnelle. Il était riche d'une double expérience, à savoir des protocoles de recherche réalisés au SHFJ sur une machine à haut champ et des acquisitions de routine réalisées sur un imageur clinique;
  
  Service de Neuroradiologie Fischgold
  Bâtiment Babinski
  Hôpital de la Salpêtrière
  47 boulevard de l'Hôpital
  75013 Paris cedex 13
  Paris
  
  
  Hugues Duffau apportait la vision du neurochirurgien soucieux d'ajouter les résultats des expériences de cartographie fonctionnelle pré-opératoires à la panoplie d'informations utilisées pour décider d'un acte. Il s'agissait également d'utiliser des stimulations per-opératoires réalisées dans un cadre de neurochirurgie guidée par un robot (Surgiscope) pour estimer la fiabilité des résultats de l'imagerie fonctionnelle ;
  
  Service de Neurochirurgie 1
  Hôpital de la Salpêtrière
  47-83 boulevard de l'hôpital
  75013 Paris
  France
  

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Le développement de Brainvisa a profité d'un financement ACI télémédecine du ministère de la recherche.

Informations techniques

Niveau d'utilisateur : 3

Identifiant : aboutBrainVISA

Nom de fichier : /home/a-sac-ns-research/build-stable-Fedora-4-i686-release/brainvisa/processes/help/aboutBrainVISA.py