Le logiciel Anatomist permet de changer le système de coordonnées des objets en chargeant des fichiers de transformations. Seul l'affichage des objets sera modifié (pas les données). En quelques mots, une transformation permet d'appliquer une translation et/ou une rotation et/ou un redimensionnement à des voxels. Ces informations sont contenues dans un fichier de type .trm.
Dans cet exemple, nous allons placer 2 volumes anatomiques non recalés entre eux dans le même référentiel, à savoir le référentiel Aims_Talairach. Lors de l'utilisation du pipeline anatomique, une transformation est générée pour passer du référentiel de l'anatomie vers le référentiel d'Aims_Talairach à partir des points positionnés (commissure antérieure et postérieure) sur l'anatomie lors de la préparation du sujet.
Chargez les volumes anatomiques des sujets.
Positionnez chaque volume dans un référentiel différent (pastille de couleur) en faisant un clic droit sur l'objet puis Référentiels => Chargez, une nouvelle fenêtre s'affiche, cliquez alors sur Nouveau.
Placez chaque anatomie dans une fenêtre de type axial, coronal ou sagittal.
Placez les 2 fenêtres dans le même référentiel (mais différent de ceux des volumes anatomiques) :
Cliquez sur la barre de couleur en haut de la fenêtre.
Choisissez nouveau.
Faites une fusion des volumes anatomiques, pour suivre le résultat.
A ce stade, nous avons 3 référentiels, 2 objets et 2 fenêtres : 1 référentiel par objet et le dernier pour les fenêtres.
Nous allons à présent charger l'information des transformations via des fichiers .trm. Placez-vous dans : Réglages => Référentiels et transformation.
Pour charger les fichiers, tirez un trait d'un point de couleur vers un autre. Le sens dépend de l'information que les fichiers .trm contiennent. Dans notre exemple, le sens va du référentiel du volume anatomique vers le référentiel commun (celui des fenêtres). Chargez les transformations (<name_subject>_TO_talairach.trm) de chaque anatomie vers le référentiel commun.
Visualisez les volumes anatomiques et la fusion pour voir la correspondance. Utilisez le curseur lié pour naviguer dans les différentes fenêtres.
APPLICATION : utilisez les données situées dans data/data_for_anatomist/referential.