Navigation dans un graphe à partir de ses noeuds :
Placez votre graphe dans une fenêtre 3D. Les noeuds du graphe ne sont pas encore visualisables car ils ne sont pas activés.
Faites un clic droit sur cette fenêtre 3D, de façon à afficher le menu de la fenêtre et choisissez Voir /sélectionner.
A présent, vous pouvez sélectionner les noeuds de votre choix en cliquant dessus à partir du navigateur.
Les noeuds, sélectionnés à partir du navigateur, s'affichent comme des objets dans la fenêtre 3D.
APPLICATION : affichez les ROIs suivantes, data/data_for_anatomist/objects/roi/bansal_ganglia.arg ou les ROIs dessinées précédemment.Sélection, dé-sélection des noeuds et suppression des objets :
Passez en mode sélection en cliquant sur le bouton sélection
de la fenêtre en mode 3D contenant le graphe.Vous pouvez ainsi sélectionner les noeuds déja affichés en cliquant dessus. En sélectionnant un objet dans la fenêtre 3D, le noeud du graphe est sélectionné dans le navigateur. Vous pouvez sélectionner 1 ou plusieurs objets si vous maintenez la touche ctrl enfoncée.
Vous pouvez également sélectionner les voisins de l'un des objets en choisissant sélectionner les voisins dans le menu clic-droit. Cette notion de voisin s'applique aux graphes de sillons, pour lesquels il existe des relations entre les noeuds, par contre dans le cas des graphes de ROIs cette option n'a pas d'utilité puisque les régions n'ont pas de relations entre elles.
Les objets 3D des graphes deviennent rouges quand ils sont sélectionnés.
Pour dé-sélectionner un objet 3D du graphe, cliquez sur le bouton droit de la souris et choisissez dé-sélectionner. Il doit passer de la couleur rouge (couleur qui indique que l'objet était sélectionné) à la couleur verte (couleur qui indique que l'objet n'est pas sélectionné) ou à une couleur attribuée par une nomenclature. En fait cela permet de dé-sélectionner tous les objets qui sont considérés comme sélectionnés (c'est à dire rouges).
Pour supprimer les objets de la fenêtre, vous devez les sélectionner puis choisir enlever de cette fenêtre dans le menu clic-droit.
APPLICATION : affichez les sillons et superposez les maillages des hémisphères situés dans data/data_for_anatomist/superimpose2.Utilisation d'une nomenclature :
L'utilisation d'un fichier de nomenclature (illustré par l'icône :
) permet de naviguer parmi les
noeuds d'un ou de plusieurs graphes de façon sélective et permet également d'associer une couleur avec un label et/ou
name.
Pour manipuler une nomenclature :
Chargez une nomenclature dans Anatomist (fichier .hie).
Chargez un graphe (en relation avec la nomenclature précédente) dans Anatomist.
Placez le graphe dans une fenêtre.
Placez la nomenclature dans un naviguateur.
Réalisez la sélection des objets à afficher via le navigateur contenant la nomenclature.
APPLICATION : utilisez le fichier basal_ganglia.hie et basal_ganglia.arg situés dans data/data_for_anatomist/objects/roi.
APPLICATION : utilisez le fichier sulcal_root_color.hie et Lsubject01Auto.arg situés dans data/data_for_anatomist/superimpose2. Vous devez modifier le paramètre Utiliser l'attribut à label dans Réglages => Paramètres des graphes.
Modification de la valeur des attributs d'un graphe et sauvegarde d'un nouveau graphe :
Chargez un graphe.
Placez-le graphe dans un navigateur.
Déroulez le noeud du graphe qui vous intéresse.
Placez-vous sur l'attribut name.
Faites un clic droit pour afficher le sous-menu.
Choisissez Modifer l'attribut.
Indiquez la nouvelle valeur de l'attribut name.
Une fois que toutes les corrections sont apportées au graphe, placez-vous sur la liste des objets (panneau général de gauche d'Antomist).
Faites un clic droit sur votre objet graphe dans cette liste, et choisissez Fichier => Sauver afin de sauvegarder ce graphe avec vos modifications. Vous pouvez donner un nouveau nom ou alors garder le même nom (attention votre graphe d'origine sera écrasé !).
APPLICATION : chargez l'objet Lsubject01AUTO.arg situé dans data/data_for_anatomist/objects/superimpose2, modifiez le name d'un noeud, et sauvegardez le graphe de sulci avec un nouveau nom afin de vérifier.