Pipeline Bébé

Ce pipeline permet de réaliser les différents process réalisant la segmentation du Cortex du nourrisson afin d'obtenir le meilleur rendu 3D possible

Description

description plus détaillée...

Paramètres

MRI: Raw T1 MRI ( entrée )

White_matter_segmentation: Choice ( input )

Cerebellum_ROI: Cerebellum ROI ( sortie )

RCGN_ROI: CGN ROI ( optional, sortie )

LCGN_ROI: CGN ROI ( optional, sortie )

Graph_version: Choice ( input )

Normalised: Choice ( input )

Anterior_Commissure: Point3D ( optional, input )

Position de la commisure antérieure (mm)

Posterior_Commissure: Point3D ( optional, input )

Position de la commisure postérieure (mm)

Interhemispheric_Point: Point3D ( optional, input )

Un point du plan Inter-hémisphérique (mm). Prenez-le assez loin de AC et PC de préférence (vers le haut du cerveau)

Left_Hemisphere_Point: Point3D ( optional, input )

N'importe quel point de l'hémisphère gauche (pas trop près du plan inter-hémisphèrique)

mri_corrected: IRM T1 Biais Corrigé ( sortie )

correction de biais

Informations techniques

Toolbox : BabySeg

Niveau d'utilisateur : 0

Identifiant : PipelineBaby

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/baby/processes/PipelineBaby.py

Supported file formats :

MRI :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

Cerebellum_ROI :

gz compressed NIFTI-1 image, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, VIDA image, XBM image, XPM image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

RCGN_ROI :

gz compressed NIFTI-1 image, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, VIDA image, XBM image, XPM image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

LCGN_ROI :

gz compressed NIFTI-1 image, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, VIDA image, XBM image, XPM image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

mri_corrected :

gz compressed NIFTI-1 image, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, VIDA image, XBM image, XPM image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image