2 - Primal Sketch d'une carte SPMt

Construit le "scale-space primal sketch" d'une carte d'activations SPMt.

Description

Construit le "scale-space primal sketch" d'une carte d'activations SPMt.

Les arguments ayant une valeur par défaut (tMin et tMax) ne devraient pas être changés et peuvent être source d'erreur si mal choisis.
Le fichier de statistiques est très important, il contient les valeurs statistiques nécessaires pour calculer convenablement les mesures associées à chaque objet du primal sketch. Si votre carte n'a pas une des tailles indiquées dans les choix possibles, vous pouvez probablement utiliser un choix ayant la même résolution (taille du voxel en mm^3). La qualité du résultat n'est cependant pas garantie et le mieux serait de générer un fichier de statistiques correspondant à vos images. Dès que j'ai le temps je fais une brique Brainvisa pour ça...

Pour plus d'information :
Coulon O, Mangin J-F, Poline J-B, Zilbovicius M, Roumenov D, Samson Y, Frouin V, Bloch I, Structural Group Analysis of Functional Activation Maps, NeuroImage, vol. 11(6), pp. 767-782, 2000.

Paramètres

spmt: SPMt map ( entrée )

mask: Functional mask ( entrée )

sketch: Primalsketch graph ( sortie )

tMin: Réel ( input )

Echelle la plus fine pour le calcul du scale-space

tMax: Réel ( input )

Echelle la plus grossière pour le calcul du scale-space

statFile: Choice ( input )

Informations techniques

Toolbox : Analyse structurelle

Niveau d'utilisateur : 2

Identifiant : PrimalSketchFromSPMt

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/structural_analysis/processes/volume_based/functional/PrimalSketchFromSPMt.py

Supported file formats :

spmt :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

mask :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

sketch :

Graph and data, Graph and data