Recalage rigide par information mutuelle

Interface de la commade AimsMIRegister

Description

Ce traitement interface la commande de recalage 'AimsMIRegister' et propose ensuite de créer l'image test recalculée.

La méthode de recalage proposée par ce traitement repose sur une approche iconique, c'est à dire basée sur l'étude des niveaux de gris de chaque voxel et utilise l'information mutuelle (mesure de la dépendance statistique entre 2 variables) pour calculer le recalage.

Ce traitement permet de déterminer une transformation rigide entre 2 images (translation et matrice de rotation) de champ de vue similaire.

Si les images sont de type 4D alors le traitement réalise automatiquement une sommation de toutes les fenêtres de cette image afin d'obtenir une image de type 3D.

Fichier de transformation :

Un fichier indiquant une transformation est un fichier de format .trm dont la syntaxe du nom du fichier est la suivante :

*TO*.trm (* indique tous les types de caractère ou chaînes de caractère). La première * indique la source (from) et la seconde * indique la destination (to). Cette transformation est de type rigide (translation + rotation).





Fichiers de transformation

Initialisation du recalage :

L'initialisation du recalage peut se faire selon 2 modes :

• gcinit = yes -> initialisation avec le centre de gravité de chaque image seuillée : il s'agit du mode utilisé par défaut. Ce mode fonctionne avec les champs seuilref et seuiltest, seuillage sur les images par un pourcentage sur l'intensité maximale de l'image. Puis le centre de gravité est calculé pour initialiser l'algorithme. Ce mode est intéressant pour des images ayant des intensités assez différentes (modalité différentes), par exemple dans le cas du recalage d'un exeman PET avec une IRM T1.



• gcinit = no -> initialisation selon des coordonnées passées en paramètre autrement avec une transformation de déaprt : pour initialiser les coordonnées de l'image à recaler, utilisez les champs Tx, Ty ..... et définir vos pas d'exploration avec les champs dTx, dTy .....

Sous-résolution de l'image de référence :

L'image de référence peut être 'dégradée' par un facteur de réduction selon le principe d'une pyramide.

Si refstartpyr= 1 --> 1 voxel sur 2 dans les 3 directions --> réduction d'un facteur 8 du volume

Si refstartpyr= 2 --> 1 voxel sur 4 dans les 3 directions --> réduction d'un facteur 64 du volume

.... par défaut la valeur est à 0, donc il n'y a pas de réduction




Recalage de l'image test :

La commande AimsMIRegister permet de déterminer un fichier de transformation. Vous pouvez choisir d'appliquer cette transformation à l'image test. Pour cela, choisissez 'yes' dans le champ 'image_resample' et indiquez le nom de l'image recalée dans le champ test_res.





Exemple d'application :



Exemple du recalage de l'image test fonc.ima par rapport à l'image de référence anat.ima. Les sorties sont les fichiers de transformation refTOtest.trm et testTOref.trm ainsi que l'image recalée resampfonc.ima. Aujourd'hui, les sorties ne sont pas gérées dans la base de données de BrainVISA, vous devez donc utiliser l'icone pour gérer les sorties.



Traitement BrainVISA : Registration Mutual Infromation Method

Paramètres

source_image: Volume 4D ( entrée )

reference_image: Volume 4D ( entrée )

source_to_reference: Transformation matrix ( sortie )

reference_to_source: Transformation matrix ( sortie )

init_with_gravity_center: Booléen ( input )

reference_threshold: Réel ( input )

source_threshold: Réel ( input )

reference_reduction_factor: Entier ( input )

initial_translation_x: Réel ( optional, input )

initial_translation_y: Réel ( optional, input )

initial_translation_z: Réel ( optional, input )

initial_rotation_x: Réel ( optional, input )

initial_rotation_y: Réel ( optional, input )

initial_rotation_z: Réel ( optional, input )

step_translation_x: Réel ( optional, input )

step_translation_y: Réel ( optional, input )

step_translation_z: Réel ( optional, input )

step_rotation_x: Réel ( optional, input )

step_rotation_y: Réel ( optional, input )

step_rotation_z: Réel ( optional, input )

error_epsilon: Réel ( input )

gray_level: Entier ( input )

index_optimized: Choice ( input )

resampled_image: Volume 4D ( optional, sortie )

resampled_interpolation: Choice ( input )

Informations techniques

Toolbox : Outils

Niveau d'utilisateur : 0

Identifiant : Register3DMutualInformation

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/tools/processes/registration/Register3DMutualInformation.py

Supported file formats :

source_image :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

reference_image :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

source_to_reference :

Transformation matrix, Transformation matrix

reference_to_source :

Transformation matrix, Transformation matrix

resampled_image :

gz compressed NIFTI-1 image, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, VIDA image, XBM image, XPM image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image