Vip Séparation des hémisphères

Segmente le masque du cerveau en trois parties : les hémisphères cérébraux et le reste (cervelet/tronc)

Description

Le principe de base de cette routine est décrit dans Ana Split Brain From Brain Mask. En outre elle est très bavarde pendant son exécution...

Pour plus d'information et une alternative à la procédure de morphologie mathématique:
Shape bottlenecks and Conservative Flow systems, J.- F. Mangin, J. Regis and V. Frouin IEEE/SIAM MMBIA Workshop (Math. Methods in Biomed. Image Analysis), San Francisco, IEEE Press 319-328, 1996

Vous pouvez également essayer:
VipSplitBrain -help

Paramètres

mri_corrected: IRM T1 Biais Corrigé ( entrée )

MRI corrigée du biais

Use_template: Booléen ( input )

split_template: Hemispheres Template ( optional, entrée )

brain_mask: T1 Brain Mask ( entrée )

un masque binaire

histo_analysis: Analyse d'histogramme ( entrée )

statistiques sur les niveaux de gris

split_mask: Séparation du masque du cerveau ( sortie )

Commissure_coordinates: Commissure coordinates ( optional, entrée )

white_algo: Choice ( optional, input )

mult_factor: Réel ( optional, input )

seuil définissant la matière blanche: moyenne - mult_factor*sigma

bary_factor: Réel ( input )

seuil définissant la matière blanche comme un barycentre des moyennes gris/blanc

white_threshold: Entier ( optional, input )

seuil définissant la matière blanche

initial_erosion: Réel ( input )

première érosion puis incrément de 0.5mm

cc_min_size: Entier ( input )

taille minimale d'une cc pour la sélection des graines

Informations techniques

Toolbox : Morphologist

Niveau d'utilisateur : 2

Identifiant : VipSplitBrain

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/morphologist/processes/segmentationpipeline/components_obsolete/segmentation/VipSplitBrain.py

Supported file formats :

mri_corrected :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

split_template :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

brain_mask :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

histo_analysis :

Analyse d'histogramme, Analyse d'histogramme

split_mask :

gz compressed NIFTI-1 image, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, VIDA image, XBM image, XPM image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

Commissure_coordinates :

Commissure coordinates, Commissure coordinates