\documentclass[a4paper]{article}

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% final paper
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\usepackage{color}
\usepackage{array}

% Example definitions.
% --------------------
\input{alphabet}   
\input{abrege}	
\input{abrmath}  
%\input{old/abrege}	
%\input{old/abrmath}  
\input{beginend}   
\input{transdef}
\title{Description des données brutes sur l'IRM 3T Bruker}

\author{Cyril Poupon, \today}
%\author{Jan Larsen and Cyril Goutte\\
%        Department of Mathematical Modeling, Building 321\\
%        Technical University of Denmark, DK-2800 Lyngby, Denmark\\
%        Phone: +45 4525 3923,3921\\
%        Fax: +45 4587 2599\\
%        E-mail: jl,cg@imm.dtu.dk\\
%        Web: eivind.imm.dtu.dk}


\begin{document}
\maketitle

Voici la manière dont je suppose organiser les répertoires des données
brutes et reconstruites sur l'IRM 3T \textbf{Bruker} (ca ne veut pas dire qu'il n'y a a pas  d'autres fichiers dedans, mais je n'en tiens pas compte):

\section{Différentes organisations des données}

Dans la suite \texttt{<XXXXXX>} indique le répertoire dont le nom est typiquement \texttt{bruXXXX} 

\subsection{Données brutes Paravision 1.0}

\bcc
\btabu{rcl}
\texttt{<XXXXXX>/} && nom du répertoire\\
\texttt{<XXXXXX>/acqp} &       $\longrightarrow$    & contient les params d'acquisition bas niveau\\
\texttt{<XXXXXX>/imnd} &       $\longrightarrow$    & contient les params d'acquistion haut niveau\\
\texttt{<XXXXXX>/fid}  &        $\longrightarrow$   & contient les données complexes du $k$-space
\etabu
\ecc

\subsection{Données brutes Paravision 3.0}
\bcc
\btabu{rcl}

\texttt{<XXXXXX>/}&&nom du répertoire \\
\texttt{<XXXXXX>/acqp}&       $\longrightarrow$    & contient les param d'acquisition bas niveau\\
\texttt{<XXXXXX>/method }   &$\longrightarrow$&contient les params d'acquistion haut niveau (idem imnd)\\
\texttt{<XXXXXX>/fid}&&
\etabu
\ecc

\subsection{Données reconstruites Paravision 1.0}
\bcc
\btabu{rcl}
\texttt{<XXXXXX>/}&&\\
\texttt{<XXXXXX>/reco}       &$\longrightarrow$&contient les params de la reconstruction\\
\texttt{<XXXXXX>/../../acqp}&&\\
\texttt{<XXXXXX>/../../imnd}&&\\
\texttt{<XXXXXX>/2dseq}     &$\longrightarrow$&contient les données réelles reconstruites
\etabu
\ecc

\subsection{Données reconstruites Paravision 3.0}
\bcc
\btabu{rcl}
\texttt{<XXXXXX>/} && nom du répertoire\\
\texttt{<XXXXXX>/reco} &$\longrightarrow$&contient les params de la reconstruction \\
\texttt{<XXXXXX>/../../acqp} &       $\longrightarrow$    & contient les params d'acquisition bas niveau \\
\texttt{<XXXXXX>/../../method} &$\longrightarrow$&contient les params d'acquistion haut niveau\\
\texttt{<XXXXXX>/2dseq} &$\longrightarrow$&contient les donnees réelles reconstruites \\
\etabu
\ecc

\section{Structure des répertoires à l'acquisition}

En fait, à l'acquisition, un répertoire non modifié Bruker a la tête suivante
(je n'ai représenté que les fichiers utiles... d'autres fichiers peuvent être
présents dans cette arborescence, mais sont crées lors de post-processings
réalisés sur la station Paravision, et ne nous servent pas, comme par
exemple des fichiers ROI qui decrivent des régions d'interet utilisées par
l'outil Bruker de stat sur ROIs,....):

\textbf{Paravision 1.0:}
%\begin{verbatim}
\bcc
\btabu{rcl}
\texttt{<YYYYYY>/1/} & $\longrightarrow$ & serie 1 de l'exam \texttt{YYYYYY} \\
\texttt{<YYYYYY>/1/imnd}        && \\              
\texttt{<YYYYYY>/1/acqp}  && \\
\texttt{<YYYYYY>/1/imnd}  && \\
\texttt{<YYYYYY>/1/fid}   && \\
\texttt{<YYYYYY>/1/pdata/}             &$\longrightarrow$ & reconstruction de la serie 1\\
\texttt{<YYYYYY>/1/pdata/1/}          & $\longrightarrow$&  reconstruction \Numero 1 de la serie 1\\
\texttt{<YYYYYY>/1/pdata/1/reco} && \\
\texttt{<YYYYYY>/1/pdata/1/2dseq}&&  \\
\texttt{<YYYYYY>/1/pdata/2/}          &$\longrightarrow$& reconstruction \Numero 2 de la serie 1 \\
\texttt{<YYYYYY>/1/pdata/2/reco} &&  \\
\texttt{<YYYYYY>/1/pdata/2/2dseq}&& \\
\texttt{<YYYYYY>/2/}                     &$\longrightarrow$ & serie 2 de l'exam \texttt{YYYYYY} \\
\texttt{<YYYYYY>/2/acqp}  &&  \\
\texttt{<YYYYYY>/2/imnd}  &&  \\
\texttt{<YYYYYY>/2/fid} &&    \\
\texttt{<YYYYYY>/2/pdata/}             &$\longrightarrow$& reconstruction de la serie 2\\
\texttt{<YYYYYY>/2/pdata/1/}          &$\longrightarrow$& reconstruction \Numero 1 de la serie 2\\
\texttt{<YYYYYY>/2/pdata/1/reco}  &&  \\
\texttt{<YYYYYY>/2/pdata/1/2dseq} &&  \\
\texttt{<YYYYYY>/2/pdata/2/}         & $\longrightarrow$& reconstruction \Numero 2 de la serie 2\\
\texttt{<YYYYYY>/2/pdata/2/reco}  &&\\
\texttt{<YYYYYY>/2/pdata/2/2dseq} &&\\
\texttt{<YYYYYY>/2/pdata/3/ }         &$\longrightarrow$& reconstruction \Numero 3 de la serie 2\\
\texttt{<YYYYYY>/2/pdata/3/reco}  && \\
\texttt{<YYYYYY>/2/pdata/3/2dseq} &&
\etabu
\ecc
%\end{verbatim}

\subsection{Différentes reconstructions sur les mêmes données}

Comme je l'ai déjà évoqué, des mêmes données brutes peuvent être
reconstruites avec des paramètres de reconstruction differents, d'où
l'existence possible de plusieurs recontructions pour une serie de
données brutes (à titre d'exemple, des données acquises avec une
matrice du $k$-space de 64x64 peuvent tres bien être reconstruites
avec une matrice de 64x64 ou 128x128 en faisant du zero-padding)

\edoc