Surface Deformation

None

Paramètres

mri_corrected: IRM T1 Biais Corrigé ( entrée )

Side: Choice ( input )

Permet de faire tourner cette dernière étape sur un hémisphère ou sur les deux

Segmentation_mode: Choice ( input )

White_matter_segmentation: Choice ( input )

fus_det: Fus Det ( entrée )

left_brain: Topo Brain ( entrée )

right_brain: Topo Brain ( entrée )

white_ridges: Baby White Ridges ( entrée )

Commissure_coordinates: Commissure coordinates ( entrée )

iRegul: Choice ( input )

Augmenter la valeur pour favoriser la surface interne - baisser si dans l'image grey_white la surface interne bave - augmenter si dans l'image grey_white la surface interne n'a pas assez gonflé

oRegul: Choice ( input )

Augmenter la valeur pour favoriser la surface externe ( et donc défavoriser le gonflage de la surface interne) - baisser si dans l'image grey_white la surface interne n'a pas assez gonflé - augmenter si dans l'image grey_white la surface interne bave

Left_Automatic_Cortex: Baby Automatic Grey White Mask ( sortie )

Right_Automatic_Cortex: Baby Automatic Grey White Mask ( sortie )

Left_MANUAL_Cortex: Baby Manual White Mask ( sortie )

Right_MANUAL_Cortex: Baby Manual White Mask ( sortie )

mri_simulated: Simulated MRI ( sortie )

Left_White_Mesh: Maillage de la matière blanche d'un hémisphère ( sortie )

Right_White_Mesh: Maillage de la matière blanche d'un hémisphère ( sortie )

left_grey_white: Baby Grey White Mask ( sortie )

right_grey_white: Baby Grey White Mask ( sortie )

left_hemi_cortex: Left CSF+GREY Mask ( sortie )

right_hemi_cortex: Right CSF+GREY Mask ( sortie )

Informations techniques

Toolbox : BabySeg

Niveau d'utilisateur : 0

Identifiant : Couplage

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/baby/processes/Components/Couplage.py

Supported file formats :

mri_corrected :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, Ventana bif, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

fus_det :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, Ventana bif, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

left_brain :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, Ventana bif, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

right_brain :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, Ventana bif, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

white_ridges :

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Commissure_coordinates :

Commissure coordinates, Commissure coordinates

Left_Automatic_Cortex :

gz compressed NIFTI-1 image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

Right_Automatic_Cortex :

gz compressed NIFTI-1 image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

Left_MANUAL_Cortex :

gz compressed NIFTI-1 image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

Right_MANUAL_Cortex :

gz compressed NIFTI-1 image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

mri_simulated :

gz compressed NIFTI-1 image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

Left_White_Mesh :

GIFTI file, GIFTI file, Maillage MESH, MNI OBJ mesh, PLY mesh, Maillage TRI

Right_White_Mesh :

GIFTI file, GIFTI file, Maillage MESH, MNI OBJ mesh, PLY mesh, Maillage TRI

left_grey_white :

gz compressed NIFTI-1 image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

right_grey_white :

gz compressed NIFTI-1 image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

left_hemi_cortex :

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right_hemi_cortex :

gz compressed NIFTI-1 image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image