Elastix transformation estimation

Calcul des transformations pour recallage avec Elastix

Paramètres

test: Volume 3D ( entrée )

Image à recaller

reference: Volume 3D ( entrée )

Image de référence

threads: Entier ( input )

affine: Text file ( entrée )

Calcul des paramètres Elastix pour première transformation affine

spline: Text file ( optional, entrée )

Calcul des paramètres Elastix pour la deuxième transformation non linéaire

output: Répertoire ( sortie )

Informations techniques

Toolbox : Bioprocessing

Niveau d'utilisateur : 3

Identifiant : ElastixTransformationEstimation

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/bioprocessing/processes/research/projects/clearmap/ElastixTransformationEstimation.py

Supported file formats :

test :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, Ventana bif, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

reference :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, Ventana bif, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

affine :

Text file, Text file

spline :

Text file, Text file

output :

Répertoire, Répertoire