Pipeline Bébé

Ce pipeline permet de réaliser les différents process réalisant la segmentation du Cortex du nourrisson afin d'obtenir le meilleur rendu 3D possible

Description

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Paramètres

MRI: Raw T1 MRI ( entrée )

White_matter_segmentation: Choice ( input )

Cerebellum_ROI: Cerebellum ROI ( sortie )

RCGN_ROI: CGN ROI ( optional, sortie )

LCGN_ROI: CGN ROI ( optional, sortie )

Graph_version: Choice ( input )

Normalised: Choice ( input )

Anterior_Commissure: Point3D ( optional, input )

Position de la commisure antérieure (mm)

Posterior_Commissure: Point3D ( optional, input )

Position de la commisure postérieure (mm)

Interhemispheric_Point: Point3D ( optional, input )

Un point du plan Inter-hémisphérique (mm). Prenez-le assez loin de AC et PC de préférence (vers le haut du cerveau)

Left_Hemisphere_Point: Point3D ( optional, input )

N'importe quel point de l'hémisphère gauche (pas trop près du plan inter-hémisphèrique)

mri_corrected: IRM T1 Biais Corrigé ( sortie )

correction de biais

Informations techniques

Toolbox : BabySeg

Niveau d'utilisateur : 0

Identifiant : PipelineBaby

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/baby/processes/PipelineBaby.py

Supported file formats :

MRI :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, Ventana bif, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

Cerebellum_ROI :

gz compressed NIFTI-1 image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

RCGN_ROI :

gz compressed NIFTI-1 image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

LCGN_ROI :

gz compressed NIFTI-1 image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

mri_corrected :

gz compressed NIFTI-1 image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image