Elastix transformation estimation

Calcul des transformations pour recallage avec Elastix

Paramètres

test: Volume 3D ( entrée )

Image à recaller

reference: Volume 3D ( entrée )

Image de référence

threads: Entier ( input )

affine: Text file ( entrée )

Calcul des paramètres Elastix pour première transformation affine

spline: Text file ( optional, entrée )

Calcul des paramètres Elastix pour la deuxième transformation non linéaire

output: Répertoire ( sortie )

Informations techniques

Toolbox : Bioprocessing

Niveau d'utilisateur : 3

Identifiant : ElastixTransformationEstimation

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/bioprocessing/processes/research/projects/clearmap/ElastixTransformationEstimation.py

Supported file formats :

test :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

reference :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

affine :

Text file, Text file

spline :

Text file, Text file

output :

Répertoire, Répertoire