Import FLAIR MRI

Cette fonction place une image IRM FLAIR dans la base de données de BrainVISA

Description

Cette brique permet de copier une image FLAIR initialement hors de la base pour la placer dans la base de données de BrainVISA.

Pour remplir le paramètre input, il faut utiliser le sélecteur de fichiers standard . Il ne peut pas être rempli en utilisant l'icône "base de données" puisque l'image n'est pas encore dans la base de données de BrainVISA.



Pour remplir le paramètre output, il faut utiliser l'icône "base de données" . Comme l'emplacement de l'image dans la base de données BrainVISA n'existe pas encore, il va falloir le créer à l'aide de l'interface de choix de l'emplacement de sortie, utilisant un système de filtres: choix de la base de données, du type de données, du format du fichier, et éventuellement du nom du protocole, du sujet et de l'acquisition.
Le nom de l'image en entrée est récupérée pour remplir le paramètre sujet par défaut.


Premièrement, il est nécessaire de sélectionner une base de données (si vous en avez plusieurs):



Il faut ensuite fixer le type de données, le format de fichier et un protocole. Si le protocole voulu n'existe pas encore, il faut en créer un en tapant un nouveau nom dans le champ protocole. Vous pouvez choisir un nom d'acquisition ou modifier le nom du sujet.

Il ne reste plus qu'à sélectionner l'image proposée à droite et à valider.


Pour lancer le traitement, il suffit d'appuyer sur run.

Paramètres

input: Raw FLAIR MRI ( entrée )

image à placer dans la base

output: Raw FLAIR MRI ( sortie )

emplacement dans la base où placer l'image

input_spm_orientation: Choice ( input )

Informations techniques

Toolbox : Gestion des données

Niveau d'utilisateur : 0

Identifiant : ImportFLAIRMRI

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/data management/processes/import/FLAIRmri/ImportFLAIRMRI.py

Supported file formats :

input :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

output :

GIS image, GIS image, NIFTI-1 image, gz compressed NIFTI-1 image