Importation d'une IRM T1

Place une image IRM T1 dans la base de données de BrainVISA

Description

Cette brique permet de copier une image T1 initialement hors de la base pour la placer dans la base de données de BrainVISA.
Pour cela, le paramètre input ne peut pas être rempli en utilisant l'icône "base de données" puisque l'image n'est pas dans la base de données. Il faut utiliser le sélecteur de fichiers standard (icône "fichier" ).
Le paramètre en sortie, output, peut en revanche être choisi en utilisant la "base de données" et c'est ce qui est d'ailleurs fortement conseillé.
Comme l'emplacement dans la base de données n'existe pas encore, il va falloir le créer à l'aide de l'interface de choix de l'emplacement de sortie: par exemple dans une base organisée selon l'ontologie proposée avec BrainVISA, il faut définir un champ "protocole", et un champ "sujet" avant de pouvoir y placer une image anatomique. Tout ceci se fait depuis l'interface accessible par la "base de données" rouge :

Il faut commencer par choisir la base de données concernée (si vous en avez plusieurs):

Il faut ensuite créer ou choisir un protocole:

Si le protocole voulu n'existe pas encore, il suffit de taper un nouveau nom dans le champ "protocole".
On crée ou choisit ensuite le nouveau sujet de la même manière:

Il ne reste plus qu'à sélectionner l'image proposée à droite (ici morphee.ima) et à valider.
Les champs nécessaires (protocole / sujet) peuvent dépendre de l'organisation de la base de données, qui peut varier d'un site à l'autre.
Note: Si vous utilisez le mode itération pour importer plusieurs images, vous pouvez créer plusieurs éléments de sortie en même temps: typiquement, il suffit de taper plusieurs noms séparés par des espaces dans le champ "sujet". Vous pouvez alors sélectionner plusieurs localisations de sortie dans le panneau de sélection à droite:

Paramètres

input: IRM T1 ( entrée )

image à placer dans la base

output: Raw T1 MRI ( sortie )

emplacement dans la base où placer l'image

referential: Referential of Raw T1 MRI ( optional, sortie )

output_database: OpenChoice ( optional, input )

attributes_merging: Choice ( optional, input )

selected_attributes_from_header: ListOf( String ) ( optional, input )

Informations techniques

Toolbox : Gestion des données

Niveau d'utilisateur : 0

Identifiant : ImportT1MRI

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/data management/processes/import/t1mri/ImportT1MRI.py

Supported file formats :

input :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

output :

gz compressed NIFTI-1 image, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, VIDA image, XBM image, XPM image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

referential :

Referential, Referential