Conversion de transformation SPM vers AIMS

Conversion des fichiers de recalage (coregistration) SPM en transformations Aims

Description

Certains volumes SPM (*.img/*.hdr) sont complétés par un fichier de recalage optionnel en format matlab (*.mat) de même nom que le volume en question. Il contient des informations de recalage (coregistration / realignment), ou éventuellement simplement de changement d'origine, qui, si elles sont présentes, remplacent dans SPM les informations de l'en-tête de l'image elle-même. Ce traitement permet de lire et de convertir ces fichiers qui ne sont normalement lisibles que par Matlab (et donc pas par Aims/Anatomist).

Ce traitement appelle Matlab (sans quoi la lecture des fichiers .mat est impossible), vous devez donc avoir matlab installé et correctement configuré sur votre système pour que le convertisseur fonctionne.

Le traitement peut fonctionner dans 2 modes: transformation entre le volume initial et le repère "central" de SPM, ou bien transformation d'un volume à un autre. La transformation d'un volume à l'autre est en fait la combinaison de deux transformations vers le repère central.

Si le second volume est spécifié, la seconde transformation est composée à la première. Le second volume peut ne pas avoir de fichier .mat associé: dans ce cas c'est la translation vers son origine SPM qui sera prise en compte.

Remarque: les systèmes de coordonnées (référentiels) internnes utilisés par SPM et Aims sont complètement différents. Ainsi en plus de l'extraction proprement dite, des conversions de coordonnées sont effectuées. C'est pourquoi vous ne retrouvez pas dans le fichier .trm de sortie le contenu de la matrice SPM. Pour plus d'informations sur les référentiels et transformations, voyez https://brainvisa.info/doc/html/aims/en/referentials.html.

Paramètres

read: Transformation matrix ( entrée )

Fichier de recalage SPM

write: Transformation matrix ( sortie )

Fichier de transformation Aims

source_volume: Volume 4D ( entrée )

Volume allant avec la transformation SPM (généralement toto.img si la transformation est toto.mat)

registered_volume: Volume 4D ( optional, entrée )

Dans le cas d'une transformation d'un volume à un autre, volume d'arrivée. Si ce paramètre n'est pas donné, la transformation extraite s'arrête au "repère central" SPM

central_to_registered: Transformation matrix ( optional, entrée )

Transformation de recalage SPM allant avec le second volume (d'arrivée), s'il y en a un

removeSource: Booléen ( input )

Si ce paramètre est mis à Vrai (True), le fichier matlab d'origine est effacé après conversion. Cette option est fortement déconseillée puisqu'elle peut faire perdre des données précieuses. Ne l'utilisez que si vous savez exactement ce que vous faites.

Informations techniques

Toolbox : Outils

Niveau d'utilisateur : 1

Identifiant : SPMtransformToAims

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/tools/processes/converters/SPMtransformToAims.py

Supported file formats :

read :

Matlab file, Matlab file

write :

Transformation matrix, Transformation matrix

source_volume :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

registered_volume :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

central_to_registered :

Matlab file, Matlab file