Séparation du masque du cerveau

Sépare le masque du cerveau en trois parties : les hémisphères cérébraux et le reste (cervelet/tronc)

Description

Cette procédure vise à séparer les hémisphères et à éliminer le cervelet et une partie du tronc cérébral de manière à accéder aux faces internes et basses du cortex.
Une érosion est appliquée à un masque de la matière blanche afin de la casser au niveau du corps calleux et du tronc cérébral. On récupère alors 3 graines correspondant aux hémisphères et au cervelet. Ces graines sont alors amenées à croître, dans un premier temps au sein de la matière blanche, puis au sein de la matière grise, de manière à retrouver les formes des hémisphères.

Paramètres

brain_mask: T1 Brain Mask ( entrée )

t1mri_nobias: IRM T1 Biais Corrigé ( entrée )

histo_analysis: Analyse d'histogramme ( entrée )

commissure_coordinates: Commissure coordinates ( optional, entrée )

use_ridges: Booléen ( input )

white_ridges: T1 MRI White Matter Ridges ( entrée )

use_template: Booléen ( input )

split_template: Hemispheres Template ( entrée )

mode: Choice ( input )

variant: Choice ( input )

bary_factor: Choice ( input )

entre 0 et 1.

mult_factor: Choice ( optional, input )

initial_erosion: Réel ( input )

cc_min_size: Entier ( input )

split_brain: Séparation du masque du cerveau ( sortie )

fix_random_seed: Booléen ( input )

Informations techniques

Toolbox : Morphologist

Niveau d'utilisateur : 0

Identifiant : SplitBrain

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/morphologist/processes/segmentationpipeline/components/SplitBrain.py

Supported file formats :

brain_mask :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

t1mri_nobias :

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histo_analysis :

Analyse d'histogramme, Analyse d'histogramme

commissure_coordinates :

Commissure coordinates, Commissure coordinates

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split_template :

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split_brain :

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