Sparse Individual Matrices and Profiles From Tracts.

Description

Construction de la matrice de connectivité:
(1) Chaque fibre conecte deux noeuds du maillage de la surface corticale et contribue à la matrice de connectivité.
(2) La matrice de connectivité où chaque ligne correspond au profile de connectivité d'un noeud du maillage de la région corticale avec la surface corticale complète.

Paramètres

regions_nomenclature: Nomenclature ROIs File ( entrée )

Nomenclature of the cortical parcellation used to partition the study.
Example : Freesurfer Desikan_Killiany Atlas

region: String ( input )

The study region based on regions_nomenclature file.

oversampled_semilabeled_fibers: Filtered Fascicles Bundles ( entrée )

Ensemble des fibres suréchantillonnée à partir des fibres ayant qu'une seule extrémité associée à un point du maillage

labeled_fibers: Filtered Fascicles Bundles ( entrée )

L'ensemble des fibres ayant leur deux extrémités identifiées sur le maillage.

individual_white_mesh: White Mesh ( entrée )

Freesurfer white-grey interface of the cortex.
Should not be inflated.

dw_to_t1: Transform T2 Diffusion MR to Raw T1 MRI ( entrée )

Matrice de transformation de la donnée de diffusion vers la T1.

regions_parcellation: ROI Texture ( entrée )

Cortical parcellation used to partition the study.
Example : Freesurfer Desikan_Killiany Atlas (?h.aparc.annot).

matrix_semilabeled_fibers: Matrice de connectivité ( sortie )

Matrice de connectivité des fibres semilabelisées.

matrix_labeled_fibers: Matrice de connectivité ( sortie )

Matrice de connectivité des fibres labelisées.

profile_semilabeled_fibers: Connectivity Profile Texture ( sortie )

Projection de la matrice de connectivité des fibres semi labelisées sur la surface corticale.

profile_labeled_fibers: Connectivity Profile Texture ( sortie )

Projection de la matrice de connectivité des fibres labelisées sur la surface corticale.

complete_individual_matrix: Matrice de connectivité ( sortie )

Superposition of both semilabeled and labeled matrices.

Informations techniques

Toolbox : Constellation

Niveau d'utilisateur : 2

Identifiant : constel_sparse_individual_matrices

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/constellation/processes/individual_pipelines/tools_connectomist/constel_sparse_individual_matrices.py

Supported file formats :

regions_nomenclature :

Text file, Text file

oversampled_semilabeled_fibers :

Aims bundles, Aims bundles, Mrtrix tracts, Trackvis tracts

labeled_fibers :

Aims bundles, Aims bundles, Mrtrix tracts, Trackvis tracts

individual_white_mesh :

GIFTI file, GIFTI file, Maillage MESH, MNI OBJ mesh, PLY mesh, Maillage TRI

dw_to_t1 :

Transformation matrix, Transformation matrix

regions_parcellation :

GIFTI file, GIFTI file, Texture

matrix_semilabeled_fibers :

Sparse Matrix, Sparse Matrix

matrix_labeled_fibers :

Sparse Matrix, Sparse Matrix

profile_semilabeled_fibers :

GIFTI file, GIFTI file, Texture

profile_labeled_fibers :

GIFTI file, GIFTI file, Texture

complete_individual_matrix :

Sparse Matrix, Sparse Matrix