02 Launch Freesurfer full pipeline recon-all

Process to interface freesurfer command lines: here you launch the recon-all command with or without option just by selecting the subject with the AnatImage parameter.

Paramètres

AnatImage: RawFreesurferAnat ( entrée )

Select a T1 MRI.

database: Répertoire ( entrée )

subject: String ( input )

force_fov_to_256: Booléen ( input )

qcache_for_group_analysis: Booléen ( input )

add_other_options: String ( optional, input )

nu: Nu FreesurferAnat ( sortie )

ribbon: Ribbon Freesurfer ( sortie )

leftPial: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

leftWhite: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

leftSphereReg: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

leftThickness: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

leftCurv: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

leftAvgCurv: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

leftCurvPial: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

leftGyri: FreesurferGyriTexture ( sortie )

Hidden parameter.

leftSulciGyri: FreesurferSulciGyriTexture ( sortie )

Hidden parameter.

rightPial: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

rightWhite: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

rightSphereReg: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

rightThickness: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

rightCurv: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

rightAvgCurv: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

rightCurvPial: BaseFreesurferType ( sortie )

Hidden parameter.

rightGyri: FreesurferGyriTexture ( sortie )

Hidden parameter.

rightSulciGyri: FreesurferSulciGyriTexture ( sortie )

Hidden parameter.

Informations techniques

Toolbox : FreeSurfer

Niveau d'utilisateur : 1

Identifiant : freesurferPipeline

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/freesurfer/processes/Tools/freesurferPipeline.py

Supported file formats :

AnatImage :

FreesurferMGZ, FreesurferMGZ

database :

Répertoire, Répertoire

nu :

FreesurferMGZ, FreesurferMGZ

ribbon :

FreesurferMGZ, FreesurferMGZ

leftPial :

FreesurferPial, FreesurferPial

leftWhite :

FreesurferWhite, FreesurferWhite

leftSphereReg :

FreesurferSphereReg, FreesurferSphereReg

leftThickness :

FreesurferThickness, FreesurferThickness

leftCurv :

FreesurferCurv, FreesurferCurv

leftAvgCurv :

FreesurferAvgCurv, FreesurferAvgCurv

leftCurvPial :

FreesurferCurvPial, FreesurferCurvPial

leftGyri :

FreesurferParcellation, FreesurferParcellation

leftSulciGyri :

FreesurferParcellation, FreesurferParcellation

rightPial :

FreesurferPial, FreesurferPial

rightWhite :

FreesurferWhite, FreesurferWhite

rightSphereReg :

FreesurferSphereReg, FreesurferSphereReg

rightThickness :

FreesurferThickness, FreesurferThickness

rightCurv :

FreesurferCurv, FreesurferCurv

rightAvgCurv :

FreesurferAvgCurv, FreesurferAvgCurv

rightCurvPial :

FreesurferCurvPial, FreesurferCurvPial

rightGyri :

FreesurferParcellation, FreesurferParcellation

rightSulciGyri :

FreesurferParcellation, FreesurferParcellation