Morphologist est le nom de la boîte à outils d'analyse d'images anatomiques T1, d'extraction de d'identification des sillons corticaux, et de leurs applications morphométriques.
Morphologist est distribué depuis des années en tant que boîte à outil pour le logiciel BrainVISA. Il a à présent une interface graphique simplifiée: Morphologist-UI, qui est bien plus facile à utiliser dans la plupart des cas.
Avant de traiter des données d'IRM T1 anatomique, il est recommandé de les importer dans une base de donnée BrainVISA. Reportez-vous aux catégories suivantes pour plus d'information :
gestion des données / importation / IRM T1
Ensuite, le pipeline principal effectue l'extraction de différents objets anatomiques (hémisphères, matière grise, matière blanche, sillons corticaux). La première étape de ce pipeline demande de spécifier manuellement à brainVISA l'orientation de vos acquisitions (axiale, coronale ou sagittale...). Si vous avez normalisé spatialement vos images au préalable avec SPM ou MRItotal, il devrait vous suffire de le spécifier (méfiez vous des conventions de SPM2 ou précédents en ce qui concerne la gauche et la droite). Autrement, vous pouvez laisser BrainVisa utiliser SPM ou FSL pour normaliser les données, ou bien vous devrez cliquer sur quelques points, en particulier les commissures antérieure et postérieure, pour permettre à brainVISA de normaliser virtuellement vos données. Tout cela concerne le traitement:
Certains de ses composants peuvent être utilisés individuellement dans le mode expert et pourraient résoudre des problèmes rencontrés avec les réglages par défaut du pipeline Morphologist. L'organisation de ces composants est compatible avec les anciens pipelines (2015, 2013, 2012, 2011, 2007, 2004). Cependant les anciennes variantes qui n'ont plus lieu d'être ont été retirées du pipeline 2012. Elles peuvent toujours être trouvées dans les anciennes versions du pipeline, toujours présentes dans "Pipeline de segmentation/Anciens pipelines". Pratiquement, ceci signifie que les composants individuels peuvent être utilisés pour remplacer un ancien traitement, dans la mesure ou les briques de validation permettent d'empêcher le pipeline général d'écraser ces nouveaux résultats. Presque toutes les étapes ont été notablement améliorées dans le pipeline Morphologist 2012.
T1-weighted data are stored in a directory database/center/subject/t1mri. Database, center and subject directories names are choosen by the user but t1mri is a fixed name.
t1mri directory contains :
Referentials and transformations for the data are stored in database/center/subject/registration.
