Extraction de la surface cortical sphérique

Fournit un maillage sphérique de la surface corticale

Description

Cette moulinette fournit un maillage sphérique de la surface corticale pour chaque hémisphère. Il s'agit de la surface de la matière blanche (le fond du cortex). Cette surface peut être gonflée à des fins de visualisation. (cf Ana Inflate Cortical Surface).

L'algorithme sous-jacent repose sur une série de transformations de morphologie mathématique déformant une boîte intialement parallélépipédique dans laquelle est enfermé l'hémisphère (cf Ana Compute Cortical Fold Arg).

Exemple de résultat:


Du fait de la résolution spatiale des données, l'effet de volume partiel peut conduire à des erreurs dans les régions des poles frontaux, et temporaux, à cause de la finesse des gyri.En cas de problème, vous pouvez améliorer les résultats en suréchantillonant les données avant la détection de l'interface, au risque de créer de petites excroissances. Le paramètre de pression permet également d'influer sur la détection en s'opposant à la régularisation.

Les paramètres (iterations et ratio) correspondent à un lissage qui consiste à déplacer "iterations" fois chaque point du maillage initial de "ratio" fois la distance au barycentre des voisins de ce point sur le maillage vers ce barycentre. Ce lissage à tendance à lisser les sommets des gyri du fait de leur forte courbure. Vous pouvez réduite le nombre d'itérations si cela vous gêne...

Pour plus d'information :
From 3D magnetic resonance images to structural representations of the cortex topography using topology preserving deformations.
J.-F. Mangin, V. Frouin, I. Bloch, J. Regis, and J.Lopez-Krahe.
Journal of Mathematical Imaging and Vision, 5(4):297--318,1995.

Paramètres

Side: Choice ( input )

mri_corrected: IRM T1 Biais Corrigé ( entrée )

histo_analysis: Analyse d'histogramme ( entrée )

split_mask: Séparation du masque du cerveau ( entrée )

left_white_mesh: Left Hemisphere White Mesh ( sortie )

right_white_mesh: Right Hemisphere White Mesh ( sortie )

maillage sphérique

left_white_mesh_fine: Left Fine Hemisphere White Mesh ( sortie )

right_white_mesh_fine: Right Fine Hemisphere White Mesh ( sortie )

oversampling: Choice ( input )

suréchantillonage

pressure: Choice ( input )

pression interne

iterations: Entier ( input )

nb déplacements vers barycentre des voisins

rate: Réel ( input )

fraction de déplacement

Informations techniques

Toolbox : Morphologist

Niveau d'utilisateur : 2

Identifiant : AnaGetSphericalCorticalSurface

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/morphologist/processes/segmentationpipeline/components_obsolete/segmentation/AnaGetSphericalCorticalSurface.py

Supported file formats :

mri_corrected :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

histo_analysis :

Analyse d'histogramme, Analyse d'histogramme

split_mask :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

left_white_mesh :

GIFTI file, GIFTI file, Maillage MESH, MNI OBJ mesh, PLY mesh, Maillage TRI

right_white_mesh :

GIFTI file, GIFTI file, Maillage MESH, MNI OBJ mesh, PLY mesh, Maillage TRI

left_white_mesh_fine :

GIFTI file, GIFTI file, Maillage MESH, MNI OBJ mesh, PLY mesh, Maillage TRI

right_white_mesh_fine :

GIFTI file, GIFTI file, Maillage MESH, MNI OBJ mesh, PLY mesh, Maillage TRI