Classification gris/blanc 2012

Classification Gris/Blanc

Description

Cette brique propose une classification gris blanc de chacun des hémisphères cérébraux pour les personnes souhaitant tester l'influence des algorithmes de classification (SPM, outils du MNI, SHFJ...) sur le résultat final de la VBM...

L'approche que nous proposons traite séparément chacun des hémisphères, ce qui devrait permettre d'éviter des mélanges entre les faces médiales, ou entre les faces basses et le cervelet, au cours du lissage spatial préalable aux statistiques.

Une autre particularité de l'approche proposée : nous avons décidé d'écarter le cervelet de la classification dans la mesure où les problèmes de volume partiel sont à notre avis trop importants pour aboutir à un résultat correct (une classification floue pourrait résoudre ce problème à l'avenir).

Paramètres

mri_corrected: IRM T1 Biais Corrigé ( entrée )

histo_analysis: Analyse d'histogramme ( entrée )

split_mask: Séparation du masque du cerveau ( entrée )

edges: T1 MRI Edges ( entrée )

commissure_coordinates: Commissure coordinates ( entrée )

Side: Choice ( input )

Gauche, Droit, ou les Deux Hémisphères

left_grey_white: Left Grey White Mask ( sortie )

classification (gris=100, blanc=200)

right_grey_white: Right Grey White Mask ( sortie )

classification (gris=100, blanc=200)

fix_random_seed: Booléen ( input )

Informations techniques

Toolbox : Morphologist

Niveau d'utilisateur : 2

Identifiant : GreyWhiteClassification

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/morphologist/processes/segmentationpipeline/components_obsolete/segmentation/GreyWhiteClassification.py

Supported file formats :

mri_corrected :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

histo_analysis :

Analyse d'histogramme, Analyse d'histogramme

split_mask :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

edges :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

commissure_coordinates :

Commissure coordinates, Commissure coordinates

left_grey_white :

gz compressed NIFTI-1 image, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, VIDA image, XBM image, XPM image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

right_grey_white :

gz compressed NIFTI-1 image, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, VIDA image, XBM image, XPM image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image