Vip Extraction du cerveau

Crée un masque binaire du cerveau à partir d'une image IRM en T1 corrigée du biais spatial

Description

Le principe de base de cette routine est décrit dans Ana Brain Mask from T1 MRI et dans Correction Brain Mask from T1 MRI. En outre elle est très bavarde pendant son exécution...

Il est possible ici d'accéder directement à certains paramètres pour tenter de résoudre une situation difficile. En cas d'échec, il reste de l'espoir... la commande ligne recèle une quantité de paramètres supplémentaires. Néanmoins, une alternative intéressante reste l'intervention manuelle... Dessin d'une "lésion" à préserver pendant le traitement, voire dessin d'une région à effacer...

Pour plus d'information :
Robust brain segmentation using histogram scale-space analysis and mathematical morphology, J.-F. Mangin, O. Coulon, and V. Frouin MICCAI, MIT, LNCS-1496, Springer Verlag 1230-1241, 1998

Vous pouvez également essayer la commande ligne :
VipGetBrain -help

Paramètres

mri_corrected: IRM T1 Biais Corrigé ( entrée )

l'IRM T1 corrigée du biais

histo_analysis: Analyse d'histogramme ( entrée )

Statistiques sur les classes gris/blanc

mode: Choice ( input )

Commissure_coordinates: Commissure coordinates ( optional, entrée )

brain_mask: T1 Brain Mask ( sortie )

la segmentation du cerveau

regularization: Booléen ( input )

choix d'une régularization de la binarisation

erosion_size: Réel ( input )

taille de l'érosion engendrant la graine du cerveau

layer: Choice ( input )

first_slice: Entier ( input )

nombre de coupes à effacer au début de l'image

last_slice: Entier ( input )

nombre de coupes à effacer à la fin de l'image

lesion_mask: Lesion Mask ( optional, entrée )

masque binaire d'une lésion (optionnel)

Informations techniques

Toolbox : Morphologist

Niveau d'utilisateur : 2

Identifiant : VipGetBrain

Nom de fichier : brainvisa/toolboxes/morphologist/processes/segmentationpipeline/components_obsolete/segmentation/VipGetBrain.py

Supported file formats :

mri_corrected :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

histo_analysis :

Analyse d'histogramme, Analyse d'histogramme

Commissure_coordinates :

Commissure coordinates, Commissure coordinates

brain_mask :

gz compressed NIFTI-1 image, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, GIF image, GIS image, JPEG image, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, TIFF image, TIFF(.tif) image, VIDA image, XBM image, XPM image, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image

lesion_mask :

gz compressed NIFTI-1 image, Aperio svs, BMP image, DICOM image, Répertoire, ECAT i image, ECAT v image, FDF image, FreesurferMGH, FreesurferMGZ, GIF image, GIS image, Hamamatsu ndpi, Hamamatsu vms, Hamamatsu vmu, JPEG image, Leica scn, MINC image, NIFTI-1 image, PBM image, PGM image, PNG image, PPM image, SPM image, Sakura svslide, TIFF image, TIFF image, TIFF(.tif) image, TIFF(.tif) image, VIDA image, Ventana bif, XBM image, XPM image, Zeiss czi, gz compressed MINC image, gz compressed NIFTI-1 image