Graph modèle (classe abstraite). More...

#include <si/graph/mgraph.h>

Inheritance diagram for sigraph::MGraph:

[legend]

Collaboration diagram for sigraph::MGraph:

[legend]

Classes
struct	VersionCheck
	Model-data version check result. More...

Public Types
enum	VersionStatus { Unversioned , VersionOk , Outdated }
	used for model-data version compatibility check More...

Public Types inherited from Graph
typedef std::set< Vertex * >	VSet

typedef std::set< Edge * >	ESet

typedef carto::rc_ptr< GraphFactory >	FactoryPtr

typedef VSet::value_type	value_type

typedef VSet::pointer	pointer

typedef VSet::reference	reference

typedef VSet::const_reference	const_reference

typedef VSet::iterator	iterator

typedef VSet::const_iterator	const_iterator

typedef VSet::reverse_iterator	reverse_iterator

typedef VSet::const_reverse_iterator	const_reverse_iterator

Public Types inherited from carto::SyntaxedObject< PropertySet >
typedef internal::SyntaxedObjectSwitch< T, SUPERSUBCLASS(Interface, T)>::ContentType	ContentType

Public Member Functions
virtual	~MGraph ()

virtual ModelFinder &	modelFinder ()=0
	Renvoie un sélecteur de modèle adapté au graphe modèle.

virtual void	clearAll ()

virtual std::string	domainFile (const std::string &graphname, const carto::AttributedObject *ao)

virtual std::string	modelFile (const std::string &graphname, const carto::AttributedObject *ao, std::set< std::string > &otherFiles)

virtual void	closeLearning ()
	Ferme l'apprentissage de tous les modèles.

virtual void	initStats ()
	Initialise les stats.

virtual void	initAdap ()
	Initialise les partie adaptatives (réseaux de neurones et autres)

virtual void	initDomain ()
	Initialise les domaines d'influence.

virtual void	removeUnusedModels (bool removeFiles=false, const std::string &prefix="")
	Elimine les noeuds et relations non-utilisés (de domaine vide)

virtual unsigned	removeRareEdges (float freqmin)
	Enlève les relations peu fréquentes (max.

virtual void	removeEdgesToVoid ()
	Enlève les relations avec le label 'brain'.

virtual void	setWeights (double factor=1.)
	Fixe les poids des modèles des noeuds.

virtual void	removeWeights ()
	Enlève les poids des modèles des noeuds.

virtual VersionCheck	checkCompatibility (const Graph &data) const
	Checks compatibility between this model graph and the given data graph.

Public Member Functions inherited from Graph
	Graph (const std::string &s="")

	Graph (const FactoryPtr factory, const std::string &s="")

virtual	~Graph ()

void	extract (Graph &graph, InputIterator iv1, InputIterator iv2)

void	clear ()

Vertex *	addVertex (const std::string &s="")

Vertex *	cloneVertex (const Vertex *vertex)

bool	hasVertex (const Vertex *vertex) const

void	removeVertex (Vertex *vertex)

Vertex *	randomVertex () const

const std::set< Vertex * > &	vertices () const

std::set< Vertex * >	getVerticesWith (const std::string &s) const

std::set< Vertex * >	getVerticesWith (const std::string &s, const T &t) const

Edge *	addUndirectedEdge (Vertex vertex1, Vertex vertex2, std::string s)

Edge *	addEdge (Vertex vertex1, Vertex vertex2, std::string s="")

Edge *	addDirectedEdge (Vertex vertex1, Vertex vertex2, std::string s)

bool	hasEdge (const Edge *edge) const

void	removeEdge (Edge *edge)

const std::set< Edge * > &	edges () const

std::set< Edge * >	edges (const Vertex vertex1, const Vertex vertex2) const

std::set< Edge * >	getEdgesWith (const std::string &s) const

std::set< Edge * >	getEdgesWith (const std::string &s, const T &t) const

iterator	begin ()

iterator	end ()

const_iterator	begin () const

const_iterator	end () const

reverse_iterator	rbegin ()

reverse_iterator	rend ()

const_reverse_iterator	rbegin () const

const_reverse_iterator	rend () const

size_t	order () const

size_t	size () const __attribute__((__deprecated__("use edgeSize() for " "the number of edges. In a future release

size_t	size () will return the " "number properties as it does in GenericObject")))

size_t	edgesSize () const

virtual bool	isUndirected () const

virtual bool	isDirected () const

virtual bool	check (const carto::SyntaxSet &syntax, std::set< std::string > &missing) const

void	clear ()

Vertex *	addVertex (const std::string &s="")

Vertex *	cloneVertex (const Vertex *vertex)

bool	hasVertex (const Vertex *vertex) const

void	removeVertex (Vertex *vertex)

Vertex *	randomVertex () const

const std::set< Vertex * > &	vertices () const

std::set< Vertex * >	getVerticesWith (const std::string &s) const

std::set< Vertex * >	getVerticesWith (const std::string &s, const T &t) const

Edge *	addUndirectedEdge (Vertex vertex1, Vertex vertex2, std::string s)

Edge *	addEdge (Vertex vertex1, Vertex vertex2, std::string s="")

Edge *	addDirectedEdge (Vertex vertex1, Vertex vertex2, std::string s)

bool	hasEdge (const Edge *edge) const

void	removeEdge (Edge *edge)

const std::set< Edge * > &	edges () const

std::set< Edge * >	edges (const Vertex vertex1, const Vertex vertex2) const

std::set< Edge * >	getEdgesWith (const std::string &s) const

std::set< Edge * >	getEdgesWith (const std::string &s, const T &t) const

iterator	begin ()

iterator	end ()

const_iterator	begin () const

const_iterator	end () const

reverse_iterator	rbegin ()

reverse_iterator	rend ()

const_reverse_iterator	rbegin () const

const_reverse_iterator	rend () const

size_t	order () const

size_t	size () const __attribute__((__deprecated__("use edgeSize() for " "the number of edges. In a future release

size_t	size () will return the " "number properties as it does in GenericObject")))

size_t	edgesSize () const

virtual bool	isUndirected () const

virtual bool	isDirected () const

virtual bool	check (const carto::SyntaxSet &syntax, std::set< std::string > &missing) const

Public Member Functions inherited from GraphObject
virtual	~GraphObject ()

Public Member Functions inherited from carto::SyntaxedObject< PropertySet >
	SyntaxedObject (const std::string &s)

	SyntaxedObject (const SyntaxedObject &x)

	SyntaxedObject (const SyntaxedObject< PropertySet > &x)

	SyntaxedObject (const std::string &s)

	SyntaxedObject (const SyntaxedObject &x)

	SyntaxedObject (const SyntaxedObject< PropertySet > &x)

Protected Member Functions
	MGraph (const std::string synt)

virtual void	parseDelete (carto::AttributedObject *ao)

Protected Member Functions inherited from GraphObject
	GraphObject (const std::string &s)

	GraphObject (const GraphObject &x)

Additional Inherited Members
Protected Attributes inherited from Graph
FactoryPtr	_factory

Detailed Description

Graph modèle (classe abstraite).

Un graphe modèle est un graphe dont les noeuds contiennent des modèles (Model). Pour être utilisable, une classe dérivant de
MGraph doit comprendre les éléments et fonctions suivants:

Sélecteur de modèle: la fonction MGraph::modelFinder renvoie une référence sur un sélecteur (dérivé de ModelFinder). Le moyen le plus simple est de le garder dans l'attribut du graphe "model_finder", soit en le créant dans le constructeur, soit en chargeant le fichier graphe (auquel cas le Reader associé doit effectuer cette opération). Une fois stocké dans l'attribut "model_finder", il est automatiquement détruit par le destructeur de MGraph.
Les noeuds ont l'attribut "model" qui pointe sur un modèle d'évaluation de clique. Les modèles sont détruits automatiquement.
Les noeuds du graphe modèle ont généralement un attribut "domain"} (pointeur sur un Domain) qui donne le domaine de validité du modèle. Le domaine est souvent utilisé pour initialiser les étiquettes possibles pour les noeuds des graphes à étiqueter (CGraph). Les domaines sont optinnels, et sont automatiquement détruits par le destructeur de MGraph.

Definition at line 47 of file mgraph.h.

Member Enumeration Documentation

◆ VersionStatus

enum sigraph::MGraph::VersionStatus

used for model-data version compatibility check

Enumerator
Unversioned
VersionOk
Outdated

Definition at line 51 of file mgraph.h.

Constructor & Destructor Documentation

◆ ~MGraph()

virtual sigraph::MGraph::~MGraph ( )

virtual

◆ MGraph()

sigraph::MGraph::MGraph ( const std::string synt )

inlineprotected

Definition at line 134 of file mgraph.h.

References Graph::Graph().

Member Function Documentation

◆ checkCompatibility()

virtual VersionCheck sigraph::MGraph::checkCompatibility ( const Graph & data ) const

virtual

Checks compatibility between this model graph and the given data graph.

Basically, versions and compatibility versions of both graphs are compared, but this function can be overriden to check more precise things.

4 properties govern the version checking:

in data graphs:
- datagraph_VERSION is the current version of a data graph (folds, ROI, clusters etc). By default it can be the current carto library number
- datagraph_compatibility_model_VERSION is the minimum model graph version number that can deal with it
in model graphs:
- model_VERSION: verison of the model graph
- model_compatibility_data_VERSION: minimum data graph version number that is accepted by this model

Using these 4 attributes, I think we can determine a correct behaviour even for models/data that are not known yet

References Graph::Graph().

◆ clearAll()

virtual void sigraph::MGraph::clearAll ( )

virtual

◆ closeLearning()

virtual void sigraph::MGraph::closeLearning ( )

virtual

Ferme l'apprentissage de tous les modèles.

◆ domainFile()

virtual std::string sigraph::MGraph::domainFile	(	const std::string &	graphname,
		const carto::AttributedObject *	ao )

virtual

◆ initAdap()

virtual void sigraph::MGraph::initAdap ( )

virtual

Initialise les partie adaptatives (réseaux de neurones et autres)

◆ initDomain()

virtual void sigraph::MGraph::initDomain ( )

virtual

Initialise les domaines d'influence.

◆ initStats()

virtual void sigraph::MGraph::initStats ( )

virtual

Initialise les stats.

◆ modelFile()

virtual std::string sigraph::MGraph::modelFile	(	const std::string &	graphname,
		const carto::AttributedObject *	ao,
		std::set< std::string > &	otherFiles )

virtual

◆ modelFinder()

virtual ModelFinder & sigraph::MGraph::modelFinder ( )

pure virtual

Renvoie un sélecteur de modèle adapté au graphe modèle.

Implemented in sigraph::FRGraph.

◆ parseDelete()

virtual void sigraph::MGraph::parseDelete ( carto::AttributedObject * ao )

protectedvirtual

◆ removeEdgesToVoid()

virtual void sigraph::MGraph::removeEdgesToVoid ( )

virtual

Enlève les relations avec le label 'brain'.

◆ removeRareEdges()

virtual unsigned sigraph::MGraph::removeRareEdges ( float freqmin )

virtual

Enlève les relations peu fréquentes (max.

{\tt num} occurences dans l'attribut "{\tt occurence_count}")

Returns: nombre de relations éliminées

◆ removeUnusedModels()

virtual void sigraph::MGraph::removeUnusedModels	(	bool	removeFiles = false,
		const std::string &	prefix = "" )

virtual

Elimine les noeuds et relations non-utilisés (de domaine vide)

◆ removeWeights()

virtual void sigraph::MGraph::removeWeights ( )

virtual

Enlève les poids des modèles des noeuds.

◆ setWeights()

virtual void sigraph::MGraph::setWeights ( double factor = 1. )

virtual

Fixe les poids des modèles des noeuds.

The documentation for this class was generated from the following file:

si/graph/mgraph.h

SiGraph: sulcal graphs

Classes

Public Types

Public Member Functions

Protected Member Functions

Additional Inherited Members

Detailed Description

Member Enumeration Documentation

◆ VersionStatus

Constructor & Destructor Documentation

◆ ~MGraph()

◆ MGraph()

Member Function Documentation

◆ checkCompatibility()

◆ clearAll()

◆ closeLearning()

◆ domainFile()

◆ initAdap()

◆ initDomain()

◆ initStats()

◆ modelFile()

◆ modelFinder()

◆ parseDelete()

◆ removeEdgesToVoid()

◆ removeRareEdges()

◆ removeUnusedModels()

◆ removeWeights()

◆ setWeights()